应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 想请教MEGA5.1使用方面的问题
71/1返回列表
查看: 1851  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖，希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后，想用MEGA5.1做系统进化树，基因片段虽然同属于一个目的片段（rpoB片段），但长度参差不齐，可否不剪齐基因片段，直接比对生成系统进化树呢？（我做的是N-J进化树）
希望有知道的可以告诉我，谢谢大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-06 19:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Muses_Nie: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 回帖很快，而且精准地回答了我的问题。谢谢！ 2013-05-07 15:27:08
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-05-07 09:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-07 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？...

比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-07 16:33:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？如何避免呢？
谢谢你：）
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-12 09:21:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-12 09:21:58
嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？ ...

这个我倒是没有注意，但是我觉得是正常的，你加入目的基因后，虽然形态不一样了，但是进化距离应该是一样的啊。关注下那些标注的数字。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2013-05-12 12:49:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-12 12:49:25
这个我倒是没有注意，但是我觉得是正常的，你加入目的基因后，虽然形态不一样了，但是进化距离应该是一样的啊。关注下那些标注的数字。...

嗯 好的 知道了 谢谢你啊
赞一下 回复此楼
7楼2013-05-13 11:00:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Muses_Nie 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 326求调剂 +5 诺贝尔化学奖觊� 2026-03-15 8/400 2026-03-21 19:33 by ColorlessPI
[考研] 本人考085602 化学工程 专硕 +20 不知道叫什么！ 2026-03-15 22/1100 2026-03-21 19:03 by ColorlessPI
[考研] 求调剂 +5 十三加油 2026-03-21 5/250 2026-03-21 18:48 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +6 梨花珞晚风 2026-03-17 6/300 2026-03-21 03:40 by JourneyLucky
[考研] 271材料工程求调剂 +8 .6lL 2026-03-18 8/400 2026-03-21 00:58 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 323求调剂 +3 洼小桶 2026-03-18 3/150 2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 0703化学调剂 +5 pupcoco 2026-03-17 8/400 2026-03-19 13:58 by houyaoxu
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +4 生物工程调剂 2026-03-16 12/600 2026-03-19 11:10 by 生物工程调剂
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 277调剂 +5 自由煎饼果子 2026-03-16 6/300 2026-03-17 19:26 by 李leezz
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭