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Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖，希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后，想用MEGA5.1做系统进化树，基因片段虽然同属于一个目的片段（rpoB片段），但长度参差不齐，可否不剪齐基因片段，直接比对生成系统进化树呢？（我做的是N-J进化树）
希望有知道的可以告诉我，谢谢大家了
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1楼 2013-05-06 19:34:42
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genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Muses_Nie: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 回帖很快，而且精准地回答了我的问题。谢谢！ 2013-05-07 15:27:08
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。
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2楼2013-05-07 09:20:45
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Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？
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3楼2013-05-07 15:13:13
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wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？...

比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树。
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4楼2013-05-07 16:33:16
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Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？如何避免呢？
谢谢你：）
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5楼2013-05-12 09:21:58
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wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-12 09:21:58
嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？ ...

这个我倒是没有注意，但是我觉得是正常的，你加入目的基因后，虽然形态不一样了，但是进化距离应该是一样的啊。关注下那些标注的数字。
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6楼2013-05-12 12:49:25
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Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-12 12:49:25
这个我倒是没有注意，但是我觉得是正常的，你加入目的基因后，虽然形态不一样了，但是进化距离应该是一样的啊。关注下那些标注的数字。...

嗯 好的 知道了 谢谢你啊
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7楼2013-05-13 11:00:46
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