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菌株系统树的构建
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本人现在在做菌株的系统发育树，根据菌株的16srDNA做的，总是做不好，跪求大神指点 发自小木虫Android客户端 |
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2楼2017-03-20 16:22:53
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3楼2017-03-20 16:56:38
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序列选得不好，根据你的菌的大体的分类地位序列，不能简单地根据相似度选，例如，你的菌具体属于哪个科？哪个属？结合这个科，这个属内的一些菌的序列，以及16s相似度斤的序列来做发育树 发自小木虫Android客户端 |
4楼2017-03-20 17:15:40
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首先纠正下是16S rRNA，此外，进化树不是根据NCBI数据库序列相似性来选，而是同属不同种都选1-2个，选到相似性90出头的就不要了。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-03-21 10:01:05
6楼2017-03-21 16:02:06
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① 做进化树，不是全部都选很接近的菌，这样做出来的树不如说是相似树好了，而非进化树，进化树要大概看出来一个进化关系，所以亲远的都得选，亲远选择是第一步；② 从100%一直到90%左右，每个属挑几个，这样就在进化意义上代表性了；③ 进化树根本不能说你的菌是啥东东，进化树只是相对的，要绝对知道你的菌，目前连生理生化、脂肪酸含量、DNA-DNA杂交都已经过时，很多都是全基因组测序了。进化树说明不了啥东西，只是一个参考；④ 准不准确还必须注意一个问题，NCBI普通库的数据你能确保别人都是准确的吗？只有专家库的才是靠谱的，选择序列，选择100%或者90%不是为了得到准不准确的答案，进化树就是这么做的。 |
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