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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 构建酵母系统发育树问题-急，请大侠给予帮助
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yang_jj1028

新虫 (初入文坛)

[求助] 构建酵母系统发育树问题-急，请大侠给予帮助已有2人参与

我用5.8S/ITS鉴定的酵母，我有90多株，建系统发育树时，没有把所有的菌都构建上面，差不多用了50株来构建树，参考菌株选的是blast最相近的菌株。审稿人主要对系统发育树一块提了很多问题。
1.The ITS sequence of each corresponding type strain  should be added to the analysis, instead of the sequences which have been found in the literature。 参考菌株让我选择模式菌株，一定是标着模式菌株的菌株做参考才行吗，我找的带ACTT这样的菌可以吗
2.ITS may be quite variable between species. Thus, it is not the best marker for phylogenetic reconstruction. Here quite distantly related Saccharomycotina and Basidiomycota sequences are compared and aligned; I would like to know what exactly has been compared, because I suspect that the sequences of these species that can be aligned may be quite reduced and therefore poorly informative. 他说5.8S/ITS鉴定方法不是理想的方法,我并不是很懂，我就只用了这个方法鉴定，个别不够理想的结果才用了26S鉴定，但文章中我没有提26s，这个我应该怎样去回复审稿人呢
3.The work also lacks comparison between the (molecular or physiological) characteristics of the yeasts described and the reference i.e. the type-strains of the species found。审稿人让我分析比较一下我鉴定的菌和相应的模式菌株，两个审稿人都有提到这个问题。这个一般应该怎样去分析呢？在树里面他们是处于一个分支的，是说一下他们的相似度还是同源可靠性呢，求解，
还有一个审稿人说Yeasts used in the study were molecular identified using ITS-PCR method. Sometimes, a single method is not sufficient for the accurate identification of fungi. Molecular biological techniques are constantly in progress so yeast isolates must be classified on the basis of a polyphasic approach.文章中我用了生理生化去鉴定了一下，又用了一个5.8S/ITS分子鉴定，但这个审稿人说要多种方法结合，这也是对我用的5.8S/ITS不太相信吗？我还需要再加上一种鉴定方法吗？

另外我想问一下，如果我用5.8s/ITS和26S，那我的系统发育树应该如何构建呢，是两个放一起构建一个树还是分开各建一个树呢。建树的时候要包含所有的菌还是取其中一部分建就可以呢？
文章之给了一个月时间修改，分子鉴定这块并不是很懂，希望大家谁知道的能给我点帮助，哪怕一点点也好呢，不胜感激！金币较少，请大家见谅
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1楼2014-01-16 11:47:32
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2014-01-18 08:43:59
1. 仅用生理生化和ITS鉴定新种是不够的，最起码与标准菌株做个DNA-DNA杂交，或者MLSA分析。你可以参考别人做鉴定工作所采用的方法。
2. 构建进化树时，选取模式菌株作为参考菌株在分类上才有意义。当然可以选择一些序列相似度高的、文献已描述特征的菌株作序列分析，但是模式菌株是必不可少的。就分类而言，一个种通常有一个模式菌株，该种下的其它菌株都是以模式菌株为中心共同构成一个“种”。
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做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-01-16 12:58:10
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yang_jj1028

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-16 12:58:10
1. 仅用生理生化和ITS鉴定新种是不够的，最起码与标准菌株做个DNA-DNA杂交，或者MLSA分析。你可以参考别人做鉴定工作所采用的方法。
2. 构建进化树时，选取模式菌株作为参考菌株在分类上才有意义。当然可以选择一些 ...

谢谢你的帮助，我只是想把分离的菌鉴定一下，如果用两种分子方法去鉴定，那构建发育树时应该如何呢？谢谢
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3楼2014-01-16 16:47:24
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
★
137167741: 金币+1, 小木虫交流，共同进步~~ 2014-01-18 08:44:07
引用回帖:
3楼: Originally posted by yang_jj1028 at 2014-01-16 16:47:24
谢谢你的帮助，我只是想把分离的菌鉴定一下，如果用两种分子方法去鉴定，那构建发育树时应该如何呢？谢谢...

如果用两个保守基因的话，可以放一块构建进化树，也可以分开构建。
当然，鉴定需要尽可能提供多方面的证据。分子方法也是各种各样的，不一定都要构建进化树，比如某些PCR方法。
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做一个阳光、开朗的小和尚
4楼2014-01-16 18:17:09
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yang_jj1028

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaozhibozhi at 2014-01-16 18:17:09
如果用两个保守基因的话，可以放一块构建进化树，也可以分开构建。
当然，鉴定需要尽可能提供多方面的证据。分子方法也是各种各样的，不一定都要构建进化树，比如某些PCR方法。...

很感谢你，方便说一下你的QQ或其他联系方式吗，有些问题还想咨询一下，我的导师也不是很懂这一块，谢谢了
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5楼2014-01-17 21:16:53
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yang_jj1028 at 2014-01-17 21:16:53
很感谢你，方便说一下你的QQ或其他联系方式吗，有些问题还想咨询一下，我的导师也不是很懂这一块，谢谢了...

1107461196.共同学习~
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做一个阳光、开朗的小和尚
6楼2014-01-17 21:26:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建树的话，一般都是用的reference或者consensus。
问题3我的理解是要说相异点，相同的话还不如用已经存在的
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7楼2014-01-18 09:51:40
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