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怎样用EzTaxon构建系统发育树啊？？？ 已有1人参与
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在GenBank上下载的序列然后用MEGA5.0构建的体统发育树，审稿人给我的意见是：GenBank中的数据质量参差不齐，随便编一条序列都能获得登录号。请到EzTaxon server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ezt_identify; Kim et al., 2012)中进行比对，这个网站是和模式菌株进行比对，因此数据是可靠的。交代发育树的构建方法和参数，如neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987) 还是 maximum-likelihood methods， bootstrap是多少。 我用那个网站identify之后就不知道怎么办了，马上要毕业了，需要接收函啊，着急，各位大神帮帮忙！！！！ 16SrDNA序列为：GGCCATTGGCGCATGCTACCATGCAAGTCGAACGGTAACGCAGGAGCTTGCTCCTGGCGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGAATCTGCCTGGTAGCGGAGGACAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACTGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCGGGGGATCTTCGGACCTCGCACTATCAGATGAGCCTGCGTCCAATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATTGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTGCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAAGAAAAGCTGTCGGCTAATACCTGGCAGTCTTGACATCACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTCGTGTAAGTTAGATGTGAAAGCCCCGGGCTTAACCTGGGAATTGCATCTAATACTATACGACTAGAGTTTGATAGAGGAGAGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGCTCAAAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGAACTAGTTGTTGGTCGGATCTTGCCGATCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACCCTTGACATCCTCGGAACTTGTCAGAGATGACTTGGTGCCTTCGGGAACCGAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCCTAGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGCTGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAATCCCAGAAAACCGGTCCTAGTCCAGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCACTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGACTGCACCAGAAGTGGATAGTCTAACCTTCGGGAGGACGTCACCACGGTTTGGTTAAGGGTT [ Last edited by 自私的猫1988 on 2015-4-1 at 16:23 ] |
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痴客
木虫 (正式写手)
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http://pan.baidu.com/s/1sj1B8XR 这里是我上传的用MEGA建树的方法，站内信里没法传，你下载了自己去看看吧。 |
2楼2015-03-31 14:39:59
