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木羊子1989

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[求助] 怎样用EzTaxon构建系统发育树啊？？？已有1人参与

在GenBank上下载的序列然后用MEGA5.0构建的体统发育树，审稿人给我的意见是：GenBank中的数据质量参差不齐，随便编一条序列都能获得登录号。请到EzTaxon server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ezt_identify; Kim et al., 2012)中进行比对，这个网站是和模式菌株进行比对，因此数据是可靠的。交代发育树的构建方法和参数，如neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987) 还是 maximum-likelihood methods， bootstrap是多少。
我用那个网站identify之后就不知道怎么办了，马上要毕业了，需要接收函啊，着急，各位大神帮帮忙！！！！
16SrDNA序列为：GGCCATTGGCGCATGCTACCATGCAAGTCGAACGGTAACGCAGGAGCTTGCTCCTGGCGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGAATCTGCCTGGTAGCGGAGGACAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACTGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCGGGGGATCTTCGGACCTCGCACTATCAGATGAGCCTGCGTCCAATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATTGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTGCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAAGAAAAGCTGTCGGCTAATACCTGGCAGTCTTGACATCACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTCGTGTAAGTTAGATGTGAAAGCCCCGGGCTTAACCTGGGAATTGCATCTAATACTATACGACTAGAGTTTGATAGAGGAGAGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGCTCAAAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGAACTAGTTGTTGGTCGGATCTTGCCGATCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACCCTTGACATCCTCGGAACTTGTCAGAGATGACTTGGTGCCTTCGGGAACCGAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCCTAGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGCTGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAATCCCAGAAAACCGGTCCTAGTCCAGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCACTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGACTGCACCAGAAGTGGATAGTCTAACCTTCGGGAGGACGTCACCACGGTTTGGTTAAGGGTT

[ Last edited by 自私的猫1988 on 2015-4-1 at 16:23 ]

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1楼 2015-03-31 10:08:23

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痴客

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【答案】应助回帖

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木羊子1989: 金币+4, 谢谢帮助 2015-04-22 16:23:24

http://pan.baidu.com/s/1sj1B8XR
这里是我上传的用MEGA建树的方法，站内信里没法传，你下载了自己去看看吧。

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因为这个世界上这么多的狼，我这只牧羊犬只好放弃我的温顺，向着这个世界放出最耀眼的光。

2楼2015-03-31 14:39:59