| 查看: 1722 | 回复: 1 | ||
[求助]
怎样用EzTaxon构建系统发育树啊？？？ 已有1人参与
|
|
在GenBank上下载的序列然后用MEGA5.0构建的体统发育树，审稿人给我的意见是：GenBank中的数据质量参差不齐，随便编一条序列都能获得登录号。请到EzTaxon server (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ezt_identify; Kim et al., 2012)中进行比对，这个网站是和模式菌株进行比对，因此数据是可靠的。交代发育树的构建方法和参数，如neighbour-joining (Saitou & Nei, 1987) 还是 maximum-likelihood methods， bootstrap是多少。 我用那个网站identify之后就不知道怎么办了，马上要毕业了，需要接收函啊，着急，各位大神帮帮忙！！！！ 16SrDNA序列为：GGCCATTGGCGCATGCTACCATGCAAGTCGAACGGTAACGCAGGAGCTTGCTCCTGGCGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAGGAATCTGCCTGGTAGCGGAGGACAACCCGGGGAAACTCGGGCTAATACTGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCGGGGGATCTTCGGACCTCGCACTATCAGATGAGCCTGCGTCCAATTAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATTGGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGCAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTGCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAAGAAAAGCTGTCGGCTAATACCTGGCAGTCTTGACATCACCTACAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTCGTGTAAGTTAGATGTGAAAGCCCCGGGCTTAACCTGGGAATTGCATCTAATACTATACGACTAGAGTTTGATAGAGGAGAGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGCTCAAAACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGAGAACTAGTTGTTGGTCGGATCTTGCCGATCAGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACCCTTGACATCCTCGGAACTTGTCAGAGATGACTTGGTGCCTTCGGGAACCGAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCCTAGTTGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCCGGTACAGAGGGCTGCCAACCCGCGAGGGGGAGCCAATCCCAGAAAACCGGTCCTAGTCCAGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGCAGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCACTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGACTGCACCAGAAGTGGATAGTCTAACCTTCGGGAGGACGTCACCACGGTTTGGTTAAGGGTT [ Last edited by 自私的猫1988 on 2015-4-1 at 16:23 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
2026博士还有哪些学校有名额
已经有4人回复
-
上海大学实验技术岗位非升即走
已经有5人回复
-
窗边初夏的小雨
已经有11人回复
-
西南大学考核制博士
已经有7人回复
-
裁员滚滚，退居二线
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
有带发论文的吗
已经有4人回复
-
风把牡丹吹跑了
已经有9人回复
-
青C资助名额大幅增加！
已经有15人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 测序结果不好的序列能够做系统发育树吗？
已经有7人回复
- 细菌16S rDNA测序结果有了，如何建立系统发育树啊，之前的贴子没看懂。
已经有9人回复
- 不知道选怎样的序列进行系统发育树的构建，选多少？
已经有9人回复
- 系统发育树外群怎么选
已经有4人回复
- 构建系统发育树出现的问题
已经有6人回复
- 有关构建细菌发育树的序列问题
已经有8人回复
- 系统发育树的建立和分析
已经有15人回复
- 霉菌18SrDNA鉴定，构建发育树的问题
已经有6人回复
- 系统发育树构建
已经有31人回复
- 系统发育树 值都低于70%，求助
已经有11人回复
- 系统发育树中的bootstrap怎么调整？
已经有7人回复
- 系统发育树如何分析，得出结论？
已经有13人回复
- 有没有谁知道如何构建系统发育树呀？
已经有8人回复
- 基于氨基酸的系统发育树的构建
已经有6人回复
- 真菌种属鉴定 系统发育树构建
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何构建系统更发育树
已经有16人回复
- 【求助/交流】关于系统发育树，如何鉴定菌种
已经有12人回复
- 请教：系统发育树怎么做？
已经有14人回复
痴客
木虫 (正式写手)
吃货250
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 2534.4
- 散金: 23
- 红花: 10
- 沙发: 2
- 帖子: 942
- 在线: 202小时
- 虫号: 1158985
- 注册: 2010-11-30
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
木羊子1989: 金币+4, 谢谢帮助 2015-04-22 16:23:24
感谢参与，应助指数 +1
木羊子1989: 金币+4, 谢谢帮助 2015-04-22 16:23:24
|
http://pan.baidu.com/s/1sj1B8XR 这里是我上传的用MEGA建树的方法，站内信里没法传，你下载了自己去看看吧。 |
2楼2015-03-31 14:39:59
精华III:
20