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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 菌株系统树的构建
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能养鱼的猫

新虫 (小有名气)

[交流] 菌株系统树的构建

本人现在在做菌株的系统发育树，根据菌株的16srDNA做的，总是做不好，跪求大神指点

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1楼 2017-03-14 19:27:46
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能养鱼的猫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 416114799 at 2017-03-21 10:01:05
首先纠正下是16S rRNA，此外，进化树不是根据NCBI数据库序列相似性来选，而是同属不同种都选1-2个，选到相似性90出头的就不要了。

谢谢，但是我看到别人都是从进化树上直接确定自己的菌株，如果只选到90％多，还会准确嘛？

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6楼2017-03-21 16:02:06
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蓝色妖姬8662

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
跟楼主遇到相同的问题，跪求大神指点
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2楼2017-03-20 16:22:53
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Val23

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
跟楼主一样，系统进化树总是出不来想要的结果

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3楼2017-03-20 16:56:38
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江云儿小郭郭

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
序列选得不好，根据你的菌的大体的分类地位序列，不能简单地根据相似度选，例如，你的菌具体属于哪个科？哪个属？结合这个科，这个属内的一些菌的序列，以及16s相似度斤的序列来做发育树

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4楼2017-03-20 17:15:40
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