24小时热门版块排行榜    

查看: 2035  |  回复: 11

寻香海棠

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR就是不出目的条带!!!! 已有1人参与

我想做基因敲除,准备敲除的下游臂扩出来没有问题。

但是上游臂就是扩不出来。梯度PCR和降落PCR都试了,还是不行。引物设计的是60度的退火温度,软件是Omiga2.0. 引物也重新设计过了,向上增加了100bp左右,还是没有条带

用的菌株不是植物乳杆菌标准株,参考是WCFS1

诸位帮我分析一下!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

人生得意需尽欢
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wxb2061 at 2015-09-25 23:20:19
我是质粒构建,1511的目的片段,p了三回了,都是没有p出来,温度设置50,55,58三回,就是没有目的片段

那你怎么解决呢!?

发自小木虫Android客户端
人生得意需尽欢
3楼2015-09-25 23:25:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chinaaoju

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以先把引物沸水中煮5min,然后迅速冰浴,有利于打开引物的二级结构;
也可以在反应体系中加DMSO,BSA;
如果模板加的过多也会P 不出来;
目的基因的GC% 是不是太高?
PCR 的退火温度一般是选择引物中退火温度低的那一个再减去5 度来做为PCR 时的退火温度。
9楼2015-09-26 22:38:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

wxb2061

银虫 (小有名气)

我是质粒构建,1511的目的片段,p了三回了,都是没有p出来,温度设置50,55,58三回,就是没有目的片段

[ 发自小木虫客户端 ]
走在途中……
2楼2015-09-25 23:20:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

199006287956

木虫 (著名写手)

这个问题,我遇到过,我选择的第一个方案往往是设计温度梯度进行扩增,48-68度均试过,大部分能出来。但是还是有顽强的,如果结合引物的目的基因位置,自身不是很好和引物结合,判断结合好坏有G值决定的,不能偏低。会导致没有扩增条带,我们往往就是往外或者往里,从新设计引物。往往能批出条带。多设几个不同结合位点的引物,不差钱。

发自小木虫Android客户端
追求不惜,奋斗不息
4楼2015-09-26 00:28:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wxb2061

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-25 23:25:52
那你怎么解决呢!?
...

新手,继续试试
走在途中……
5楼2015-09-26 09:23:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 199006287956 at 2015-09-26 00:28:43
这个问题,我遇到过,我选择的第一个方案往往是设计温度梯度进行扩增,48-68度均试过,大部分能出来。但是还是有顽强的,如果结合引物的目的基因位置,自身不是很好和引物结合,判断结合好坏有G值决定的,不能偏低。 ...

有木有可能参考序列,与我拿到的菌株有差异!?

发自小木虫Android客户端
人生得意需尽欢
6楼2015-09-26 11:10:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

199006287956

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-26 11:10:51
有木有可能参考序列,与我拿到的菌株有差异!?
...

这个错误一般不会犯吧!

发自小木虫Android客户端
追求不惜,奋斗不息
7楼2015-09-26 12:51:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 199006287956 at 2015-09-26 12:51:06
这个错误一般不会犯吧!
...

我也是觉得,我下游臂都P出来了,我决定还是重新设计引物试试吧。。。你们用什么软件设计的引物?
人生得意需尽欢
8楼2015-09-26 20:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

199006287956

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-26 20:04:59
我也是觉得,我下游臂都P出来了,我决定还是重新设计引物试试吧。。。你们用什么软件设计的引物?...

primer5.0

发自小木虫Android客户端
追求不惜,奋斗不息
10楼2015-09-26 23:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 寻香海棠 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:22 by 4qO8zhfjr2AX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-29 21:22 by 4qO8zhfjr2AX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-29 21:11 by 4qO8zhfjr2AX
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 3/150 2026-08-29 18:26 by 4FFAWE8HcgUD
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +5 德尚中行 2026-08-27 6/300 2026-08-29 18:10 by manplx
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 14:13 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
请填处理意见