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寻香海棠

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR就是不出目的条带!!!! 已有1人参与

我想做基因敲除,准备敲除的下游臂扩出来没有问题。

但是上游臂就是扩不出来。梯度PCR和降落PCR都试了,还是不行。引物设计的是60度的退火温度,软件是Omiga2.0. 引物也重新设计过了,向上增加了100bp左右,还是没有条带

用的菌株不是植物乳杆菌标准株,参考是WCFS1

诸位帮我分析一下!
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寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wxb2061 at 2015-09-25 23:20:19
我是质粒构建,1511的目的片段,p了三回了,都是没有p出来,温度设置50,55,58三回,就是没有目的片段

那你怎么解决呢!?

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人生得意需尽欢
3楼2015-09-25 23:25:52
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chinaaoju

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以先把引物沸水中煮5min,然后迅速冰浴,有利于打开引物的二级结构;
也可以在反应体系中加DMSO,BSA;
如果模板加的过多也会P 不出来;
目的基因的GC% 是不是太高?
PCR 的退火温度一般是选择引物中退火温度低的那一个再减去5 度来做为PCR 时的退火温度。
9楼2015-09-26 22:38:03
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普通回帖

wxb2061

银虫 (小有名气)

我是质粒构建,1511的目的片段,p了三回了,都是没有p出来,温度设置50,55,58三回,就是没有目的片段

[ 发自小木虫客户端 ]
走在途中……
2楼2015-09-25 23:20:19
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199006287956

木虫 (著名写手)

这个问题,我遇到过,我选择的第一个方案往往是设计温度梯度进行扩增,48-68度均试过,大部分能出来。但是还是有顽强的,如果结合引物的目的基因位置,自身不是很好和引物结合,判断结合好坏有G值决定的,不能偏低。会导致没有扩增条带,我们往往就是往外或者往里,从新设计引物。往往能批出条带。多设几个不同结合位点的引物,不差钱。

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追求不惜,奋斗不息
4楼2015-09-26 00:28:43
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wxb2061

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-25 23:25:52
那你怎么解决呢!?
...

新手,继续试试
走在途中……
5楼2015-09-26 09:23:25
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寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 199006287956 at 2015-09-26 00:28:43
这个问题,我遇到过,我选择的第一个方案往往是设计温度梯度进行扩增,48-68度均试过,大部分能出来。但是还是有顽强的,如果结合引物的目的基因位置,自身不是很好和引物结合,判断结合好坏有G值决定的,不能偏低。 ...

有木有可能参考序列,与我拿到的菌株有差异!?

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人生得意需尽欢
6楼2015-09-26 11:10:51
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199006287956

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-26 11:10:51
有木有可能参考序列,与我拿到的菌株有差异!?
...

这个错误一般不会犯吧!

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追求不惜,奋斗不息
7楼2015-09-26 12:51:06
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寻香海棠

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 199006287956 at 2015-09-26 12:51:06
这个错误一般不会犯吧!
...

我也是觉得,我下游臂都P出来了,我决定还是重新设计引物试试吧。。。你们用什么软件设计的引物?
人生得意需尽欢
8楼2015-09-26 20:04:59
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199006287956

木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 寻香海棠 at 2015-09-26 20:04:59
我也是觉得,我下游臂都P出来了,我决定还是重新设计引物试试吧。。。你们用什么软件设计的引物?...

primer5.0

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追求不惜,奋斗不息
10楼2015-09-26 23:14:58
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