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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » PCR结果图，最下边的是二聚体吗？目的条带不多
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR结果图，最下边的是二聚体吗？目的条带不多 已有3人参与

各位大神，求助。这是我做的PCR结果图，30微升体系，上下游primer各用了2微升，40个循环。按理是每个模板（植物总CDNA）都应该能扩增出目的条带的，但是只用一半数目的模板能扩增出目的条带。还有就是最底下特亮的小条带是引物二聚体吗？
我第二天又用别的accession的模板做了一次，但是目的条带一个也没有！！！唯一不同的可能是taq酶不是同一管的，难道这是造成这个结果的原因？
请问这是怎么回事啊？？？
PCR结果图，最下边的是二聚体吗？目的条带不多
（40个循环）12.30 L&CZ 2_副本.jpg


PCR结果图，最下边的是二聚体吗？目的条带不多-1
（40个循环）12.31 failed.JPG

[ Last edited by Dolphin女 on 2014-1-3 at 06:29 ]
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1楼 2014-01-03 06:27:41
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Dolphin女(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-01-03 09:43:26
Dolphin女: 金币+5, ★有帮助 2014-01-04 06:57:26
marker是1kb ladder？你的目的条带多大？引物是否跨越内含子？从图上看下面的象是引物二聚体。
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2楼2014-01-03 08:56:14
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zlh275285433

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我也是个小菜鸟，我想问下你这PCR跑的是什么？就是引物是什么，用来扩什么的？ACTIN-1?
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3楼2014-01-03 16:53:11
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alicelchf

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Dolphin女: 金币+2, ★有帮助 2014-01-04 06:57:40
你的结果是引物聚合了的
调整一下浓度吧，一般这种小体系的反应，关键就是各个浓度
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修身、齐家、治国、平天下
4楼2014-01-03 16:59:50
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-03 08:56:14
marker是1kb ladder？你的目的条带多大？引物是否跨越内含子？从图上看下面的象是引物二聚体。

谢谢回复！！！
maker是 1KB。 目的条带是500左右。引物是否跨越内含子我不清楚，没有检测过，这个会对扩增有影响吗？
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5楼2014-01-04 06:54:49
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zlh275285433 at 2014-01-03 16:53:11
我也是个小菜鸟，我想问下你这PCR跑的是什么？就是引物是什么，用来扩什么的？ACTIN-1?

上下两段各用的不同的引物，但不是actin。
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6楼2014-01-04 06:56:16
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)
我把引物做了个浓度梯度，循环数用了38个。结果还是这样！只有下边那个引物稍微扩增出一点点条带。。。。愁啊！
PCR结果图，最下边的是二聚体吗？目的条带不多-2
1.2 PCR optimization.jpg
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7楼2014-01-04 07:03:25
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acvhreinlg

银虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-05 15:58:08
是引物二聚体，引物浓度太大了，30ul体系一般1ul引物已经很多了，循环数40也稍有点多

[ 发自小木虫客户端 ]
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科研是将金钱转换为知识的过程，而创新则是将知识转换为金钱的过程。
8楼2014-01-04 08:29:44
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匿名

用户注销 (正式写手)
本帖仅楼主可见
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9楼2014-01-04 08:49:12
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by Dolphin女 at 2014-01-04 06:54:49
谢谢回复！！！
maker是 1KB。 目的条带是500左右。引物是否跨越内含子我不清楚，没有检测过，这个会对扩增有影响吗？...

500bp的目标片段应该是上面的那条了。下面是引物二聚体。如果引物跨内含子，如果模板里有gDNA，可能P出较大的片段。
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10楼2014-01-04 13:46:53
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