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Dolphin女

新虫 (初入文坛)

[求助] PCR结果图,最下边的是二聚体吗?目的条带不多 已有3人参与

各位大神,求助。这是我做的PCR结果图,30微升体系,上下游primer各用了2微升,40个循环。按理是每个模板(植物总CDNA)都应该能扩增出目的条带的,但是只用一半数目的模板能扩增出目的条带。还有就是最底下特亮的小条带是引物二聚体吗?
我第二天又用别的accession的模板做了一次,但是目的条带一个也没有!!!唯一不同的可能是taq酶不是同一管的,难道这是造成这个结果的原因?
请问这是怎么回事啊???
PCR结果图,最下边的是二聚体吗?目的条带不多
(40个循环)12.30 L&CZ 2_副本.jpg


PCR结果图,最下边的是二聚体吗?目的条带不多-1
(40个循环)12.31 failed.JPG

[ Last edited by Dolphin女 on 2014-1-3 at 06:29 ]
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Dolphin女(kx444555代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-01-03 09:43:26
Dolphin女: 金币+5, 有帮助 2014-01-04 06:57:26
marker是1kb ladder?你的目的条带多大?引物是否跨越内含子?从图上看下面的象是引物二聚体。
2楼2014-01-03 08:56:14
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zlh275285433

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我也是个小菜鸟,我想问下你这PCR跑的是什么?就是引物是什么,用来扩什么的?ACTIN-1?
3楼2014-01-03 16:53:11
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alicelchf

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Dolphin女: 金币+2, 有帮助 2014-01-04 06:57:40
你的结果是引物聚合了的
调整一下浓度吧,一般这种小体系的反应,关键就是各个浓度
修身、齐家、治国、平天下
4楼2014-01-03 16:59:50
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2014-01-03 08:56:14
marker是1kb ladder?你的目的条带多大?引物是否跨越内含子?从图上看下面的象是引物二聚体。

谢谢回复!!!
maker是 1KB。 目的条带是500左右。引物是否跨越内含子我不清楚,没有检测过,这个会对扩增有影响吗?
5楼2014-01-04 06:54:49
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zlh275285433 at 2014-01-03 16:53:11
我也是个小菜鸟,我想问下你这PCR跑的是什么?就是引物是什么,用来扩什么的?ACTIN-1?

上下两段各用的不同的引物,但不是actin。
6楼2014-01-04 06:56:16
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Dolphin女

新虫 (初入文坛)

我把引物做了个浓度梯度,循环数用了38个。结果还是这样!只有下边那个引物稍微扩增出一点点条带。。。。愁啊!
PCR结果图,最下边的是二聚体吗?目的条带不多-2
1.2 PCR optimization.jpg

7楼2014-01-04 07:03:25
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acvhreinlg

银虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-01-05 15:58:08
是引物二聚体,引物浓度太大了,30ul体系一般1ul引物已经很多了,循环数40也稍有点多

[ 发自小木虫客户端 ]
科研是将金钱转换为知识的过程,而创新则是将知识转换为金钱的过程。
8楼2014-01-04 08:29:44
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匿名

用户注销 (正式写手)

本帖仅楼主可见
9楼2014-01-04 08:49:12
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by Dolphin女 at 2014-01-04 06:54:49
谢谢回复!!!
maker是 1KB。 目的条带是500左右。引物是否跨越内含子我不清楚,没有检测过,这个会对扩增有影响吗?...

500bp的目标片段应该是上面的那条了。下面是引物二聚体。如果引物跨内含子,如果模板里有gDNA,可能P出较大的片段。
10楼2014-01-04 13:46:53
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