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wyangdao

木虫 (正式写手)

[求助] 用gromacs软件做逐渐升温的时候出现这个问题,求如何解决 已有1人参与

这是我的md.mdp文件的一部分。
Tcoupl              =  berendsen
tau_t               =  0.1
0.1   
tc_grps
      =  14A  sol   
ref_t               =  300  300   
annealing           =  single
annealing_npoints   =  4
annealing_time      = 0  5  10  30
annealing_temp      = 293 373 373 277


错误提示是:
Program grompp_mpi, VERSION 4.0.4
Source code file: readir.c, line: 1508

Fatal error:
Not enough annealing values: 1 (for 2 groups)
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wyangdao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by franksha at 2015-07-03 15:26:34
两个组,4个退火点,为什么只有一组温度退火,第二个组应该也一样设置退火时间和温度啊

你有这样的mdp文件吗?如果有的话,可以发我一份吗?我的邮箱是wyangdao@163.com
4楼2015-07-03 20:10:21
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查看全部 7 个回答

franksha

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

两个组,4个退火点,为什么只有一组温度退火,第二个组应该也一样设置退火时间和温度啊
2楼2015-07-03 15:26:34
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wyangdao

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by franksha at 2015-07-03 15:26:34
两个组,4个退火点,为什么只有一组温度退火,第二个组应该也一样设置退火时间和温度啊

; Temperature coupling is on
tcoupl                =  Berendsen        ; modified Berendsen thermostat
tc-grps                = Protein Non-Protein        ; two coupling groups - more accurate
tau_t                = 0.1          0.1        ; time constant, in ps
ref_t                = 300         300        ; reference temperature, one for each group, in K
annealing = single  single
annealing‐npoints = 4  4
annealing‐time = 0 10 20 55 0 10 20 55  
annealing‐temp = 300 313 323 293 300 313 323 293

出现这样的错误
Fatal error:
Found 0 annealing-npoints values for 2 groups
3楼2015-07-03 20:08:44
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青青白白123

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wyangdao at 2015-07-03 20:10:21
你有这样的mdp文件吗?如果有的话,可以发我一份吗?我的邮箱是wyangdao@163.com...

你好,请问你做的什么模拟需要退火啊?
5楼2018-01-30 16:24:28
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