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linglingys

新虫 (小有名气)

[交流] 酶切结果求解

本人做双酶切
Fermentas  Fast Digestion
63-1-B/ 63-1-H     B:EcoRI/BamHI     H: EcoRI/HindⅢ   63-1质粒浓度:1.5ug/ul
water                            15.3ul
10X FastDigest               2ul
DNA(ug)                            0.7ul
FastDigest enzyme1           1ul
FastDigest enzyme2    1ul
Total volume                   20ul
37℃ for 12hours
63-2-B/ 63-2-H     B:EcoRI/BamHI     H: EcoRI/HindⅢ     63-2质粒浓度:1.1ug/ul
water                          15ul
10X FastDigest             2ul
DNA(ug)                          1ul
FastDigest enzyme1          1ul
FastDigest enzyme2   1ul
Total volume                  20ul
37℃ for 12hours
原质粒:二次洗脱(取1ul+9ul无核酸水+1ul 10X Loading buffer)(质粒浓度63-1原:0.3ug/ul,63-2原:0.13ug/ul)
Marker:DL5000
问题: B:EcoRI/BamHI 双酶切怎么又这么多片段,是酶切时间过长吗?另外EcoRI/HindⅢ 小片段应该是1500bp左右的,为什么实际看到是2000-3000bp之间呢?备注:质粒经测序鉴定转染成功的。

酶切结果求解
63-1.jpg
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lansong9783

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你的质粒骨架有没有相应的酶切位点?Fermentas  Fast 的酶不是快速酶吗,时间可以是半小时。你缩短时间,看是不是星号活性。
2楼2015-06-03 00:44:17
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2015-06-03 11:21:32
切割时间太长了!明显给切花掉了~~至于切出带偏大
1.你的重组质粒大小正确吗?~确定是你的质粒无误~?
2. 你63-1-H那个点样孔,最上面那条亮带是空载体的带吗?如果不是你载体的位置的话,你2000—3000的条带不一定是你双酶切出来的基因带,更像是Star活性切出来的带。LZ你的空载质粒多大?
3.LZ你为什么要用快切酶37度12个小时处理呢?说明书上肯定不会这么写把,是因为以前尝试过短时间切割,切不出来带吗?我感觉你还是好好检查一下那个质粒是否是你筛出来的重组质粒~一般从载体上切基因很好切的,这几个内切酶也不太受甲基化的影响。如果切不开除非没有酶切位点或者你的酶切位点本身有问题。
大家相互帮助哈
3楼2015-06-03 01:25:58
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)

路过的看了一下,帮顶,祝福你好运!~~~~~~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
4楼2015-06-03 07:42:54
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linglingys

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by luwei13566 at 2015-06-03 01:25:58
切割时间太长了!明显给切花掉了~~至于切出带偏大
1.你的重组质粒大小正确吗?~确定是你的质粒无误~?
2. 你63-1-H那个点样孔,最上面那条亮带是空载体的带吗?如果不是你载体的位置的话,你2000—3000的条带不一 ...

这个是别人构建好的质粒,我们利用酶切得到质粒再链接我们的片段
5楼2015-06-03 08:04:51
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luwei13566

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by linglingys at 2015-06-03 08:04:51
这个是别人构建好的质粒,我们利用酶切得到质粒再链接我们的片段...

最好把这两个质粒测个序,我感觉这两个质粒上没有相应的酶切位点~别人是不是给错质粒了
大家相互帮助哈
6楼2015-06-03 10:04:20
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siriusxuan

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
切12个小时。。。。快切酶只需要5分钟就可以。。。。保险起见也最多俩小时。。
此座可言轻社稷,江山万里起风尘。
7楼2015-06-03 15:50:21
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linglingys

新虫 (小有名气)

这是做几个时间点酶切,求解
酶切结果求解-1
酶切载体.jpg

8楼2015-06-04 14:30:05
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linglingys

新虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by luwei13566 at 2015-06-03 10:04:20
最好把这两个质粒测个序,我感觉这两个质粒上没有相应的酶切位点~别人是不是给错质粒了...

小抽提测序是正确的
9楼2015-06-04 14:30:42
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linglingys

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by siriusxuan at 2015-06-03 15:50:21
切12个小时。。。。快切酶只需要5分钟就可以。。。。保险起见也最多俩小时。。

切其他质粒试过半小时切不开后来切15个小时才切开
10楼2015-06-04 14:31:13
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