| 查看: 1495 | 回复: 4 | ||
[求助]
NCBI上序列确定和引物设计上的问题 已有2人参与
|
|
小弟是做qpcr的，半路出家，以前一直是闷头做，也没太思考序列位置确定和引物设计问题，今天思考了一下，发现有好多问题折腾不清，特来宝地问问大神们，希望不吝赐教。 1. 针对于RNA样本进行PCR试验时，是不是我在构建模板的时候就用NCBI上查询的cDNA序列或者mRNA学列设计即可； 2. 针对于DNA样本进行PCR试验时，理论上要求我要在保守区域设计引物，那么保守区域的确定方式是不是就是当我针对于序列设计完引物，然后BLAST，没有相似度太高的同源序列即可； 3. 针对于模板构建，我想问的是如果精确定位目的基因位置的。譬如我想找的基因是PIK3CA的E542K也就是1624 G>A在exon 9上，这个1624是针对于那个定义说的，我能确定的是它肯定不是3号染色体整个序列上了，那么这个数字是针对于CDS说的还是mRNA说的，有文献上给出NG_012113.1，可是我在exon 9上说啥也找不到我想要的那个SNP； 4. 最后一个问题还是引物设计问题，我是针对于DNA设计的试验，所以肯定不会再mRNA上设计引物了，那么问题来了，我是在CDS上围绕这个SNP设计啊，还是在3号染色体全序列上围绕这个SNP设计。 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有240人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NCBI提交基因组序列，工作人员回信，大家看看是什么意思，谢谢啦！！！！
已经有8人回复
- 怎么使用KEGG，NCBI等方法确认基因。
已经有6人回复
- 如何查找单克隆抗体的基因序列
已经有12人回复
- 关于NCBI的一个问题
已经有5人回复
- 有引物序列，却找不到对应的目的序列
已经有14人回复
- 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
已经有14人回复
- 求助，NCBI设计的引物怎么看好不好？急呀。。。。。
已经有5人回复
- ncbi序列比对结果显示灰色小写字母
已经有9人回复
- SOS，求助，NCBI上引物比对问题
已经有6人回复
- NCBI在线Blast的图文说明
已经有13人回复
- 在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？
已经有9人回复
- NCBI序列比对问题
已经有6人回复
- real-time引物设计问题，关于保守取，内含子
已经有10人回复
- NCBI上酶蛋白序列含有信号肽吗（原核）
已经有5人回复
- 怎样在ncbi blast的比对结果上找到最相似的序列呢
已经有7人回复
- 请问：NCBI Blast里得出的序列的 e value是什么意思？
已经有7人回复
- NCBI上的mRNA序列的一个问题
已经有8人回复
- 想要设计引物 可是NCBI中blast后只有蛋白序列 如何得到基因序列 谢谢啊
已经有15人回复
- 向NCBI提交序列问题
已经有8人回复
- 【求助/交流】怎样用NCBI查找引物Tm值？
已经有4人回复
- 【求助/交流】引物设计的 序列选择问题
已经有9人回复
- 【求助/交流】请教一个NCBI上注释的问题
已经有5人回复
2楼2015-06-01 16:54:17
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
linzshit: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-06-03 08:47:45
感谢参与，应助指数 +1
linzshit: 金币+20, ★★★很有帮助 2015-06-03 08:47:45
|
第一个问题：建议上下游引物夸至少一个内含子，若区分靶基因不同剪接转录本，则应在靶转录本特有序列处设计。另外还要查下靶基因是否存在假基因，设计的时候尽量避免假基因； 第二个问题：做DNA的qPCR直接设计一组特异性好的引物即可，个人感觉没有啥特殊位置要求。因为你特异性好的话已经满足你的要求了，没必要找保守区了对吧~ 第三个问题：1624是指PIK3CA 9号外显子上第1624位的SNP，是由G变成A。你只要在UCSC上输入PIK3CA，他直接就给你在基因组里搜了，到时候你只要找到相应染色体上的位置就是了~ 最后一个问题：你用gDNA作为研究对象，那当然在gDNA上设计引物啦~如果你要定量这个SNP，那你上游引物或者下游引物的3’端最好搭在这个SNP上，或者你用5‘端搭在这个SNP上面的Taqman Probe，如果你要克隆或者做sanger测序，那就随意多了。 以上仅供参考，希望能帮到你~ |
3楼2015-06-02 00:18:07
4楼2015-06-02 09:51:05
5楼2015-06-03 08:47:31
40