24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 5805  |  回复: 14

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列 已有5人参与

英文原文节选:
1.VvDXSgene was split into 10 exons and 9 introns, and this structure corresponded to the gene prediction LOC 100249323 of V. vinifera PN40024.

2.VvDXSgene structure consists of ten exons and nine introns spread for a total of 4790 bp corresponding to the gene prediction LOC 100249323 on                         V. vinifera PN40024. A coding region of 2151 bp is predicted to encode for a DXS protein of 716 amino acids.

3.Gene-specific primers were designed and synthesized based on the genomic sequence of V. vinifera PN40024 deposited in the NCBI genome chromosome database under accession number NC_012011. A total of 4790 bp of theVvDXSlocus, from the initial ATG start codon to the TAG stop codon, was resequenced corresponding to base pair numbers 3759954-3764743 of NC_012011.

基因名字是VvDXS,我想找的是它的ORF-cDNA的全长,用来设计引物,但是按照原文介绍,怎么也找不到,请指教。

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
1.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongge2013

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
推荐你去UCSC查找
2楼2014-05-22 08:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
努力就有收获!
3楼2014-05-22 08:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank
4楼2014-05-22 08:55:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 08:51:51
是这个吗1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (VvDXS)
gene:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_002277883.2
protein:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_002277919.1
相关:http://www.ncbi.n ...

就是这个基因,第一个GENE 链接是空白呢    ,我想知道这个基因的CDNA全长,请赐教
5楼2014-05-22 09:01:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-05-22 08:55:21
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank

按照你说的只搜索到了基因的DNA全长 并且比文章的中介绍的要大,文章中说是4790bp,查到的是5118bp,而且为也有差异,什么原因呢?如果想搜索cDNA全长该怎么做呢?文中介绍cDNA的ORF为2151bp
6楼2014-05-22 09:08:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:01:23
就是这个基因,第一个GENE 链接是空白呢    ,我想知道这个基因的CDNA全长,请赐教...

打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的
努力就有收获!
7楼2014-05-22 09:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的...

恩 看到了  不过我想设计引物,将这个基因切成两段,有氨基酸序列不行啊,还是得有cDNA全长
8楼2014-05-22 09:34:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的...

不好意思刚才看错了  我点击进入,搜索XM_002277883.2后怎么是空白,限制找不到项目,蛋白的那个链接就可以进去
9楼2014-05-22 09:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:34:25
恩 看到了  不过我想设计引物,将这个基因切成两段,有氨基酸序列不行啊,还是得有cDNA全长...

XM_002277883.2点击进入就是了mRNA序列了,你找一下CDS不就好了
努力就有收获!
10楼2014-05-22 09:59:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 旭旭大将军 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂325分 +10 15771691647 2026-04-04 10/500 2026-04-06 06:31 by houyaoxu
[考研] 332求调剂 +16 小小孟... 2026-04-05 17/850 2026-04-06 00:52 by fmesaito
[考研] 322求调剂 +3 嗯哼哼恒 2026-04-05 3/150 2026-04-05 19:52 by nepu_uu
[考研] 复试调剂 +8 春日来信- 2026-04-03 8/400 2026-04-05 18:58 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿南航,数一英一学硕317求调剂!! +5 Acaciad 2026-04-04 5/250 2026-04-05 12:31 by 搏击518
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 材料调剂 +15 一样YWY 2026-04-01 15/750 2026-04-04 22:23 by hemengdong
[考研] 278求调剂 +14 范婷娜 2026-04-04 15/750 2026-04-04 22:15 by lqwchd
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 数二英二348求调剂 +4 hxdzj1 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:25 by zhq0425
[考研] 一志愿华中农业071010,总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 338求调剂 +4 zzz,,r 2026-04-03 4/200 2026-04-03 16:39 by lijunpoly
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦! 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 初试301,代码085701环境工程,本硕一致,四六级已过,有二区一作,共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666!
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 354求调剂 +4 lxb598 2026-03-31 5/250 2026-04-02 09:55 by Jaylen.
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 313求调剂 +6 卖个关子吧 2026-03-31 6/300 2026-03-31 10:58 by Jaylen.
信息提示
请填处理意见