24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 5803  |  回复: 14

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列 已有5人参与

英文原文节选:
1.VvDXSgene was split into 10 exons and 9 introns, and this structure corresponded to the gene prediction LOC 100249323 of V. vinifera PN40024.

2.VvDXSgene structure consists of ten exons and nine introns spread for a total of 4790 bp corresponding to the gene prediction LOC 100249323 on                         V. vinifera PN40024. A coding region of 2151 bp is predicted to encode for a DXS protein of 716 amino acids.

3.Gene-specific primers were designed and synthesized based on the genomic sequence of V. vinifera PN40024 deposited in the NCBI genome chromosome database under accession number NC_012011. A total of 4790 bp of theVvDXSlocus, from the initial ATG start codon to the TAG stop codon, was resequenced corresponding to base pair numbers 3759954-3764743 of NC_012011.

基因名字是VvDXS,我想找的是它的ORF-cDNA的全长,用来设计引物,但是按照原文介绍,怎么也找不到,请指教。

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
1.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dongge2013

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
推荐你去UCSC查找
2楼2014-05-22 08:26:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
努力就有收获!
3楼2014-05-22 08:51:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank
4楼2014-05-22 08:55:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 08:51:51
是这个吗1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (VvDXS)
gene:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_002277883.2
protein:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_002277919.1
相关:http://www.ncbi.n ...

就是这个基因,第一个GENE 链接是空白呢    ,我想知道这个基因的CDNA全长,请赐教
5楼2014-05-22 09:01:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-05-22 08:55:21
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank

按照你说的只搜索到了基因的DNA全长 并且比文章的中介绍的要大,文章中说是4790bp,查到的是5118bp,而且为也有差异,什么原因呢?如果想搜索cDNA全长该怎么做呢?文中介绍cDNA的ORF为2151bp
6楼2014-05-22 09:08:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:01:23
就是这个基因,第一个GENE 链接是空白呢    ,我想知道这个基因的CDNA全长,请赐教...

打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的
努力就有收获!
7楼2014-05-22 09:26:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的...

恩 看到了  不过我想设计引物,将这个基因切成两段,有氨基酸序列不行啊,还是得有cDNA全长
8楼2014-05-22 09:34:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接,往下找,搜索XM_002277883.2点击进入就是了,旁边还有一个XP_002277919.1  ,应该是蛋白的...

不好意思刚才看错了  我点击进入,搜索XM_002277883.2后怎么是空白,限制找不到项目,蛋白的那个链接就可以进去
9楼2014-05-22 09:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝索道人

木虫 (正式写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:34:25
恩 看到了  不过我想设计引物,将这个基因切成两段,有氨基酸序列不行啊,还是得有cDNA全长...

XM_002277883.2点击进入就是了mRNA序列了,你找一下CDS不就好了
努力就有收获!
10楼2014-05-22 09:59:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 旭旭大将军 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学调剂求助 +7 LULONG1 2026-04-03 7/350 2026-04-06 06:41 by houyaoxu
[考研] 调剂 +7 不逢春 2026-04-05 8/400 2026-04-05 23:34 by 来看流星雨10
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +4 cs0106 2026-04-05 4/200 2026-04-05 22:49 by lbsjt
[考研] 086000生物与医药求调剂 +3 老天眷顾之人 2026-03-31 3/150 2026-04-05 22:24 by syh9288
[考研] 找调剂 +10 楚乔乔 2026-04-01 10/500 2026-04-05 22:19 by syh9288
[考研] 复试调剂 +13 呼呼?~+123456 2026-04-05 13/650 2026-04-05 22:07 by 醉翁wl
[考研] 085600,320分求调剂 +7 大馋小子 2026-04-01 8/400 2026-04-05 21:19 by 学员8dgXkO
[考研] 327求调剂 +4 拾光任染 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:16 by 南航~万老师
[考研] 301求调剂 +3 XYPLR 2026-04-05 4/200 2026-04-05 19:07 by XYPLR
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-04 4/200 2026-04-05 09:44 by zhq0425
[考研] 341求调剂 +3 学无止境,冲 2026-04-05 3/150 2026-04-05 09:40 by lbsjt
[考研] 环境285分,过六级,求调剂 +10 xhr12 2026-04-02 10/500 2026-04-04 21:53 by bn53987
[考研] 求生物学调剂 +14 15172915737 2026-04-01 14/700 2026-04-04 20:13 by babysonlkd
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-03 6/300 2026-04-03 20:46 by 欣喜777
[考研] 070300一志愿211,312分求调剂院校 +16 小黄鸭宝 2026-03-30 16/800 2026-04-03 19:53 by lijunpoly
[考研] 求材料调剂 一志愿南昌大学 328分 +5 yyy..... 2026-04-03 5/250 2026-04-03 13:46 by 百灵童888
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 284求调剂 +12 小熊~~ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 江苏苏北高校诚邀调剂同学 +3 zzll406 2026-03-31 3/150 2026-03-31 16:54 by 及时行乐fan
信息提示
请填处理意见