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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列已有5人参与

英文原文节选：
1.VvDXSgene was split into 10 exons and 9 introns, and this structure corresponded to the gene prediction LOC 100249323 of V. vinifera PN40024.

2.VvDXSgene structure consists of ten exons and nine introns spread for a total of 4790 bp corresponding to the gene prediction LOC 100249323 on                         V. vinifera PN40024. A coding region of 2151 bp is predicted to encode for a DXS protein of 716 amino acids.

3.Gene-specific primers were designed and synthesized based on the genomic sequence of V. vinifera PN40024 deposited in the NCBI genome chromosome database under accession number NC_012011. A total of 4790 bp of theVvDXSlocus, from the initial ATG start codon to the TAG stop codon, was resequenced corresponding to base pair numbers 3759954-3764743 of NC_012011.

基因名字是VvDXS，我想找的是它的ORF-cDNA的全长，用来设计引物，但是按照原文介绍，怎么也找不到，请指教。

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
1.jpg
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1楼2014-05-22 08:17:40
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dongge2013

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-05-22 08:26:44
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蓝索道人

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是这个吗1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (VvDXS)
gene：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_002277883.2
protein：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_002277919.1
相关：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=VvDXS
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3楼2014-05-22 08:51:51
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
NCBI里选择gene，输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank
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4楼2014-05-22 08:55:21
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 08:51:51
是这个吗1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (VvDXS)
gene：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/XM_002277883.2
protein：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_002277919.1
相关：http://www.ncbi.n ...

就是这个基因，第一个GENE 链接是空白呢    ，我想知道这个基因的CDNA全长，请赐教
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5楼2014-05-22 09:01:23
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-05-22 08:55:21
NCBI里选择gene，输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank

按照你说的只搜索到了基因的DNA全长 并且比文章的中介绍的要大，文章中说是4790bp，查到的是5118bp，而且为也有差异，什么原因呢？如果想搜索cDNA全长该怎么做呢？文中介绍cDNA的ORF为2151bp
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6楼2014-05-22 09:08:44
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蓝索道人

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:01:23
就是这个基因，第一个GENE 链接是空白呢    ，我想知道这个基因的CDNA全长，请赐教...

打开第三个连接，往下找，搜索XM_002277883.2点击进入就是了，旁边还有一个XP_002277919.1  ，应该是蛋白的
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7楼2014-05-22 09:26:51
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接，往下找，搜索XM_002277883.2点击进入就是了，旁边还有一个XP_002277919.1  ，应该是蛋白的...

恩 看到了  不过我想设计引物，将这个基因切成两段，有氨基酸序列不行啊，还是得有cDNA全长
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8楼2014-05-22 09:34:25
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝索道人 at 2014-05-22 09:26:51
打开第三个连接，往下找，搜索XM_002277883.2点击进入就是了，旁边还有一个XP_002277919.1  ，应该是蛋白的...

不好意思刚才看错了  我点击进入，搜索XM_002277883.2后怎么是空白，限制找不到项目，蛋白的那个链接就可以进去
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9楼2014-05-22 09:58:34
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蓝索道人

木虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:34:25
恩 看到了  不过我想设计引物，将这个基因切成两段，有氨基酸序列不行啊，还是得有cDNA全长...

XM_002277883.2点击进入就是了mRNA序列了，你找一下CDS不就好了
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10楼2014-05-22 09:59:34
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