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旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列 已有5人参与

英文原文节选:
1.VvDXSgene was split into 10 exons and 9 introns, and this structure corresponded to the gene prediction LOC 100249323 of V. vinifera PN40024.

2.VvDXSgene structure consists of ten exons and nine introns spread for a total of 4790 bp corresponding to the gene prediction LOC 100249323 on                         V. vinifera PN40024. A coding region of 2151 bp is predicted to encode for a DXS protein of 716 amino acids.

3.Gene-specific primers were designed and synthesized based on the genomic sequence of V. vinifera PN40024 deposited in the NCBI genome chromosome database under accession number NC_012011. A total of 4790 bp of theVvDXSlocus, from the initial ATG start codon to the TAG stop codon, was resequenced corresponding to base pair numbers 3759954-3764743 of NC_012011.

基因名字是VvDXS,我想找的是它的ORF-cDNA的全长,用来设计引物,但是按照原文介绍,怎么也找不到,请指教。

怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
1.jpg
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-05-22 08:55:21
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank

按照你说的只搜索到了基因的DNA全长 并且比文章的中介绍的要大,文章中说是4790bp,查到的是5118bp,而且为也有差异,什么原因呢?如果想搜索cDNA全长该怎么做呢?文中介绍cDNA的ORF为2151bp
6楼2014-05-22 09:08:44
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查看全部 15 个回答

dongge2013

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
推荐你去UCSC查找
2楼2014-05-22 08:26:44
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蓝索道人

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
努力就有收获!
3楼2014-05-22 08:51:51
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
NCBI里选择gene,输入基因名称或代码
在列表中选择你的基因
点击genbank
4楼2014-05-22 08:55:21
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