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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎样在NCBI上查找基因的cDNA序列
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蓝索道人

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:58:34
不好意思刚才看错了  我点击进入，搜索XM_002277883.2后怎么是空白，限制找不到项目，蛋白的那个链接就可以进去...

蛋白的那个链接进去后，找XM_002277883，点进去就是mRNA
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努力就有收获！
11楼2014-05-22 10:02:29
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OmicsLink

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
内容已删除
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一切有为法，如露如闪电
12楼2014-05-22 11:15:14
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 旭旭大将军 at 2014-05-22 09:08:44
按照你说的只搜索到了基因的DNA全长 并且比文章的中介绍的要大，文章中说是4790bp，查到的是5118bp，而且为也有差异，什么原因呢？如果想搜索cDNA全长该怎么做呢？文中介绍cDNA的ORF为2151bp...

上面不是说明了mRNA的位置吗？
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13楼2014-05-22 11:58:53
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Forlornhope

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

基因序列：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_012011.3?from=3851155&to=3856272&report=genbank&strand=true
看到
“CDS             join(201..335,636..764,846..1010,1120..1270,1751..2022,
                     2119..2392,2712..3019,4065..4346,4424..4708,4841..4990)”
4990-201+1=4790 与GENOMIC ATG-TAG 4790相符
注意：标注的是ATG-TAG之间的序列

里面找到XM_002277883.2，点击进入找到mRNA序列（即cDNA全长序列）
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/359477447
里面看到“  CDS             201..2351”，2351-201+1=2151 与“Full ORF cDNA    2151bp”相符

希望楼主已经明白
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14楼2014-05-25 09:21:46
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jingmi

新虫 (正式写手)
引用回帖:
12楼: Originally posted by OmicsLink at 2014-05-22 11:15:14
以小鼠EDNRB基因为例子说明：
1.查找一个基因的启动子之前，最好是要对这个基因做一个初步的了解，了解方法为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/上面查找ednrb

2.  这个是查找结果，由于很多哺乳类动 ...

你好啊，为什么我输入你说的：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez网址，会自动变为http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/，而且版面也和你显示的不一样？
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15楼2015-01-04 17:24:44
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