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chenyanzhen铁虫 (小有名气)
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有引物序列，却找不到对应的目的序列 已有2人参与
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在文献中找到两对引物序列，但是在ncbi-blast中却找不到其P的序列，哪位高手帮帮忙，急用！ PF1(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR1(5-3)：-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- PF2(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR2(5-3):-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- 参考文献在附件，谢谢！ |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-08-07 11:21:40
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在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下： 1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。  2.在下面program selection选项中选择Somewhat similar sequences (blastn)项。  3.点击blast，结果出来后，查看两边粗黑线、中间有灰色细线连接的比对结果，如下图中红框中所示。  4.根据比对结果即可知道该对引物扩增的基因名称、序列及产物大小。如该例中所示：扩增产物为 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小为800-578+1=223bp  |
12楼2014-08-05 22:21:20
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2楼2014-08-04 11:31:14
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4楼2014-08-04 13:10:38
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5楼2014-08-04 20:22:19
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6楼2014-08-04 20:50:52
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第二条引物： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
7楼2014-08-04 20:53:57
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第三条引物： Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|KF998563.1|Length: 1432Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 1290 to 1308GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Plus Query 1 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 1290 GTCTGGTAGCACTGCTTCA 1308 |
8楼2014-08-04 20:55:42
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chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
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第四条： Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1 Related Information Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 38.2 bits(19) 0.41 19/19(100%) 0/19(0%) Plus/Minus Query 1 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 19 ||||||||||||||||||| Sbjct 800 GTCGGTTGCTGGTGCAAAA 782 |
9楼2014-08-04 20:57:21
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