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samin

新虫 (初入文坛)

[求助] 使用的引物不同，导致扩增的序列与别人文献序列长度、扩增区域不一样，如何分析数据? 已有2人参与

实验室一直用的引物特异性较好，所以并没有根据别人的文献，用他们的引物，测序结果发现长度与别人（老外）的长度不一样？
         如我用的是引物  Forward A: XXXXXXXXXXXXXXX
                                    Reverse B: XXXXXXXXXXXXXXX
别人文献使用的引物   Forward C :XXXXXXXXXXXXXXX
                                    Reverse D: XXXXXXXXXXXXXXX
后面进行数据分析时，使用别人文献中的序列一起分析时，应当如何处理，才能使构建的系统发育树更加准确？
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每天进步一点点
1楼 2013-12-14 15:25:42
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-15 21:57:13
把自己测出的序列在网上BLAST一下，就打下相似序列了，把这相似序列下载后用软件比对就行了。
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2楼2013-12-14 16:36:21
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samin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lm2570 at 2013-12-14 16:36:21
把自己测出的序列在网上BLAST一下，就打下相似序列了，把这相似序列下载后用软件比对就行了。

但是不是我要的地理种群呀
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每天进步一点点
3楼2013-12-14 16:50:44
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扬名声

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
samin: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-02 19:14:06
你做的和老外做的没有重叠区域吗？可以选择重叠区域尝试分析
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4楼2014-01-02 12:07:57
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samin

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 扬名声 at 2014-01-02 12:07:57
你做的和老外做的没有重叠区域吗？可以选择重叠区域尝试分析

建树时 怎么选择参数呢？
起始编码子，置信度，模型什么的

建的树如何更美观呢？我用的是mega5
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每天进步一点点
5楼2014-01-02 19:17:03
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扬名声

新虫 (初入文坛)
这要看你序列的类型和分析目的了，置信度和模型都是在建树前用其它软件，像Modeltest, Jmodeltest等选的，生成的树可以后期处理的，像使用AI软件。你只选择Mega建树吗？扩增的序列是编码蛋白序列吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2014-01-10 11:34:31
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