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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 有引物序列，却找不到对应的目的序列
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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)

[求助] 有引物序列，却找不到对应的目的序列 已有2人参与

在文献中找到两对引物序列，但是在ncbi-blast中却找不到其P的序列，哪位高手帮帮忙，急用！
PF1(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA-
PR1(5-3)：-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA-
PF2(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA-
PR2(5-3):-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA-
参考文献在附件，谢谢！
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活在当下，充实自己
1楼 2014-08-04 11:10:20
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-08-07 11:21:40
在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下：
1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。
有引物序列，却找不到对应的目的序列
2.在下面program selection选项中选择Somewhat similar sequences (blastn)项。
有引物序列，却找不到对应的目的序列-1
3.点击blast，结果出来后，查看两边粗黑线、中间有灰色细线连接的比对结果，如下图中红框中所示。
有引物序列，却找不到对应的目的序列-2
4.根据比对结果即可知道该对引物扩增的基因名称、序列及产物大小。如该例中所示：扩增产物为 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小为800-578+1=223bp
有引物序列，却找不到对应的目的序列-3
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12楼2014-08-05 22:21:20
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普通回帖

ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流！ 2014-08-04 14:08:50
我试了第一个，好像有的吗？是Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene？
你不妨再试试？
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2楼2014-08-04 11:31:14
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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-04 11:31:14
我试了第一个，好像有的吗？是Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene？
你不妨再试试？

你i确定么？我用genesnap找到上游引物的序列，但是没有下游引物的。你是怎么找到 的？
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活在当下，充实自己
3楼2014-08-04 13:07:55
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader
引用回帖:
3楼: Originally posted by chenyanzhen at 2014-08-04 00:07:55
你i确定么？我用genesnap找到上游引物的序列，但是没有下游引物的。你是怎么找到 的？...

这里：
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome
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4楼2014-08-04 13:10:38
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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-04 13:10:38
这里：
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome...

恩，我也是用这个。直接将上下游引物黏贴到框框里头，点击BLAST，结果只有17-38个碱基配对成功，看来我还是没完全弄懂。可以加QQ教一下么？514510843
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活在当下，充实自己
5楼2014-08-04 20:22:19
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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内容已删除
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6楼2014-08-04 20:50:52
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

第二条引物：

Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1
Related Information
Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1 Score        Expect        Identities        Gaps        Strand
38.2 bits(19)         0.41         19/19(100%)         0/19(0%)         Plus/Minus

Query  1    GTCGGTTGCTGGTGCAAAA  19
            |||||||||||||||||||
Sbjct  800  GTCGGTTGCTGGTGCAAAA  782
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7楼2014-08-04 20:53:57
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

第三条引物：

Karenia mikimotoi strain Daya Bay 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence
Sequence ID: gb|KF998563.1|Length: 1432Number of Matches: 1
Related Information
Range 1: 1290 to 1308GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1 Score        Expect        Identities        Gaps        Strand
38.2 bits(19)         0.41         19/19(100%)         0/19(0%)         Plus/Plus

Query  1     GTCTGGTAGCACTGCTTCA  19
             |||||||||||||||||||
Sbjct  1290  GTCTGGTAGCACTGCTTCA  1308
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8楼2014-08-04 20:55:42
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+5, 鼓励热心回帖交流 2014-08-05 14:13:52
第四条：
Karenia mikimotoi KMWL01 large subunit ribosomal RNA gene, partial sequence
Sequence ID: gb|EF469238.1|Length: 1453Number of Matches: 1
Related Information
Range 1: 782 to 800GenBankGraphics Next Match Previous Match
Alignment statistics for match #1 Score        Expect        Identities        Gaps        Strand
38.2 bits(19)         0.41         19/19(100%)         0/19(0%)         Plus/Minus

Query  1    GTCGGTTGCTGGTGCAAAA  19
            |||||||||||||||||||
Sbjct  800  GTCGGTTGCTGGTGCAAAA  782
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9楼2014-08-04 20:57:21
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
chenyanzhen: 金币+3, ★有帮助 2014-08-07 11:22:12
因为不知道你的找的是什么基因/RNA，所以就只选择了上述各个结果，都是与Karenia mikimotoi相关的。
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10楼2014-08-04 20:58:57
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