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chenyanzhen铁虫 (小有名气)
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[求助]
有引物序列，却找不到对应的目的序列 已有2人参与
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在文献中找到两对引物序列，但是在ncbi-blast中却找不到其P的序列，哪位高手帮帮忙，急用！ PF1(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR1(5-3)：-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- PF2(5-3):-GTCTGGTAGCACTGCTTCA- PR2(5-3):-GTCGGTTGCTGGTGCAAAA- 参考文献在附件，谢谢！ |
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- 附件 2 : 应用实时荧光定量PCR技术研究九龙江口水域米氏凯伦藻的分布.pdf
2014-08-04 11:07:41, 501.02 K
2014-08-04 11:08:01, 678.26 K
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-08-07 11:21:40
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chenyanzhen: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-08-07 11:21:40
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在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下： 1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。  2.在下面program selection选项中选择Somewhat similar sequences (blastn)项。  3.点击blast，结果出来后，查看两边粗黑线、中间有灰色细线连接的比对结果，如下图中红框中所示。  4.根据比对结果即可知道该对引物扩增的基因名称、序列及产物大小。如该例中所示：扩增产物为 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小为800-578+1=223bp  |
12楼2014-08-05 22:21:20