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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 有引物序列，却找不到对应的目的序列
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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-04 20:58:57
因为不知道你的找的是什么基因/RNA，所以就只选择了上述各个结果，都是与Karenia mikimotoi相关的。

是的，我现在在做米氏凯伦藻，想要做RT-PCR，想直接从文献中得到引物探针然后去合成，但是我得知道这对引物合成的目的序列有多长，以便后续实验。在BLAST中，我只能在相应的序列中找到上游或者下游引物，暂时没找到都包含上下游引物的，你上面列的好像也是只有一条吧？
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活在当下，充实自己
11楼2014-08-05 09:05:03
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen: 金币+12, ★★★很有帮助 2014-08-07 11:21:40
在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下：
1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。
有引物序列，却找不到对应的目的序列
2.在下面program selection选项中选择Somewhat similar sequences (blastn)项。
有引物序列，却找不到对应的目的序列-1
3.点击blast，结果出来后，查看两边粗黑线、中间有灰色细线连接的比对结果，如下图中红框中所示。
有引物序列，却找不到对应的目的序列-2
4.根据比对结果即可知道该对引物扩增的基因名称、序列及产物大小。如该例中所示：扩增产物为 large subunit ribosomal RNA gene的一段，大小为800-578+1=223bp
有引物序列，却找不到对应的目的序列-3
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12楼2014-08-05 22:21:20
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八斤公主狗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-05 22:21:20
在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下：
1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。

...

怎么按照这个方法没找到呢

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13楼2017-02-21 11:00:04
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八斤公主狗

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
12楼: Originally posted by stone2239 at 2014-08-05 22:21:20
在文献中看到一对引物序列，如何知道该对引物扩增产物的大小及序列？方法如下：
1.打开blastn页面，在输入框中依次输入上游引物序列、50-150个n、下游引物的反向互补序列，在下面organism框中输入物种拉丁名。

...

怎么按照这个方法没找到呢

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14楼2017-02-21 11:00:05
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花城殿

禁虫
本帖内容被屏蔽
15楼2022-07-16 15:58:53
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