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雪花爱上梅花

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助，NCBI设计的引物怎么看好不好？急呀。。。。。 已有1人参与

如图，先谢谢了！

求助，NCBI设计的引物怎么看好不好？急呀。。。。。
20140313204524.jpg
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1楼 2014-03-13 20:50:13
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
雪花爱上梅花: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-03-13 22:56:05
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-14 09:22:20
你用http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html这个网址上的软件测试一下，GC含量38-60就可以，再看看有没有互补或高级结构。
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hehe
2楼2014-03-13 21:13:18
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雪花爱上梅花

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-13 21:13:18
你用http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html这个网址上的软件测试一下，GC含量38-60就可以，再看看有没有互补或高级结构。

xiexie.
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3楼2014-03-13 22:55:43
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-14 09:22:24
根据相关参数，建议选择第2对引物，self complementarity和self 3' complementarity对应的数值越小越好，非特异性扩增和引物二聚体就越少。另外，将对应的引物在primer blast里检测其特异性，检测出的模板越单一越好
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rainwater
4楼2014-03-14 09:13:29
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叶叶梦

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lvbobo823 at 2014-03-13 21:13:18
你用http://www.basic.northwestern.edu/biotools/oligocalc.html这个网址上的软件测试一下，GC含量38-60就可以，再看看有没有互补或高级结构。

你好，这个软件不会用，请赐教
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5楼2015-01-20 22:40:28
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 叶叶梦 at 2015-01-20 22:40:28
你好，这个软件不会用，请赐教...

把你设计的引物复制到最上面的空白格处，点calculate会计算出引物的信息在下面你可以看到引物长度，Tm值及GC含量。最下面有一个Check self-complementarity,
会在新的页面显示引物有没有二级结构。
赞一下(2人) 回复此楼
hehe
6楼2015-01-21 10:06:15
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