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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 30金求助，有关用软件进行序列比对的问题。
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dfpepn921

新虫 (初入文坛)

[求助] 30金求助，有关用软件进行序列比对的问题。 已有8人参与

导师给我了大量60BP长的序列（3万个左右），想要用相关软件进行序列比对分析从中找出相似性比较高的序列使用，求推荐几款合适的软件，本人现在用DNAMAN进行多序列分析但是不太理想啊，如果两个两个的比对速度又太慢了，有哪些软件可以做这个啊？
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1楼 2015-03-13 11:09:55
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hbl215

金虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

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用MEGA呀，可以同时进行多个序列比对
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2楼2015-03-13 12:09:39
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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这是序列聚类问题，可以考虑CD-hit
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4楼2015-03-13 15:19:50
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
软件就不给你介绍了，楼上说的应该都可以。其实我很好奇用excel排序能不能解决你的问题，按理说排序后相似性高的会排到一起。
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5楼2015-03-13 17:40:59
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普通回帖

匿名

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3楼2015-03-13 12:23:39
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haze12344

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以试下invirtrogen的vector NTI，我感觉挺好的
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生物你好
6楼2015-03-16 09:21:44
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lymkitty

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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MEGA吧，我一直都是用这个的，感觉挺好用的，简单好学。还有一个软件BioEdit这个也挺好的，不过这些软件都差不多的，就看你用哪个比较顺手了。
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7楼2015-03-16 10:13:06
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huangluhao

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可以使用mafft这个软件，不知道有没有windows版的，linux版速度很快
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8楼2015-03-17 09:08:01
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女子无才

新虫 (初入文坛)
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9楼2015-03-17 10:42:36
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女子无才

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我看文献上说，Clustal X ver2.1可以，但是我还没有找到能下载的，如果你学会了，求赐教
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10楼2015-03-17 10:44:37
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