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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 问一个关于序列比对的小白问题
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三蛰

铜虫 (小有名气)

[求助] 问一个关于序列比对的小白问题 已有2人参与

各位好，得到一个基因的核苷酸序列全长，到NCBI上用blastX（就是用核苷酸进行蛋白序列的比对），得到的结果中没有我当初设计简并引物时参考的几个蛋白序列。但是我拿我的核苷酸序列翻译后单独和那些参考过的蛋白序列对比后，同源性还挺高的，请问这是什么情况。有过这种经验的大哥大姐请不吝赐教。
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我不会！
1楼 2014-01-15 09:12:00
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zilinweizhu

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-01-15 17:45:49
三蛰: 金币+2 2014-01-15 19:18:13
正常，我也遇到这种情况，我的是参考序列没有登录到NCBI，你那个同源性比较高的序列里面应该有和你参考序列一样的菌株，相似度为100%
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2楼2014-01-15 09:46:03
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三蛰

铜虫 (小有名气)
内容已删除
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我不会！
3楼2014-01-15 10:55:16
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lvbobo823

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-01-15 17:45:57
三蛰: 金币+2, ★有帮助 2014-01-15 19:18:05
NCBI数据库就这样，往往搜的不全，我之前用一个基因序列搜NCBI blastn结果没搜到该序列，用该序列号从NCBI才获得序列。你可以用多种搜索方式确定你所需要的。
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hehe
4楼2014-01-15 11:06:06
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