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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 我在BLAST里比对的同源序列,和我的序列是反向互补,这样怎么办呢? 已有4人参与

急求:很急!!!!求路过的大牛赶紧帮忙!
现在遇到一个问题就是,我在BLAST里比对的同源序列,和我的序列是反向互补,这样怎么办呢?
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-13 13:01:52
这是正常的啊,你要什么样子的?
只想要正链结果的话,你可以从结果中筛选和你的query链正向一致的,或者可以做本地blast,只选择正链或负链进行比对
每天都为自己的无知而羞耻!
2楼2014-05-13 09:09:05
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-13 09:09:05
这是正常的啊,你要什么样子的?
只想要正链结果的话,你可以从结果中筛选和你的query链正向一致的,或者可以做本地blast,只选择正链或负链进行比对

首先谢谢你的回答,我想要的结果是:我的DNA链和Blast比对的是正相互补,我从Blast里比对的和我链都是反向互补,该怎么才能变成正相互补?我现在用的是反向互补,在MEGA里做出的进化树不对啊。。。。
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3楼2014-05-14 10:50:27
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


wangjhsl(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:11:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-14 10:50:27
首先谢谢你的回答,我想要的结果是:我的DNA链和Blast比对的是正相互补,我从Blast里比对的和我链都是反向互补,该怎么才能变成正相互补?我现在用的是反向互补,在MEGA里做出的进化树不对啊。。。。...

最简单的就是把你自己的DNA链反向互补,然后做进化树就可以了
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

如果blast出来的结果都是反向的,你就得考虑测序公司是不是给了你反义链的测序结果。
4楼2014-05-17 12:02:16
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wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


wangjhsl(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:11:50
把你的序列反向互补后再blast试试
5楼2014-05-17 13:58:58
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


wangjhsl(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-10 18:12:26
可以使用DNAMAN或者DNASTAR进行一个反向互补序列再来进行blast建树就没问题了。
新手入门求各位大神指导
6楼2014-09-10 12:44:40
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