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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 我在BLAST里比对的同源序列，和我的序列是反向互补，这样怎么办呢？
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)

[求助] 我在BLAST里比对的同源序列，和我的序列是反向互补，这样怎么办呢？已有4人参与

急求：很急！！！！求路过的大牛赶紧帮忙！
现在遇到一个问题就是，我在BLAST里比对的同源序列，和我的序列是反向互补，这样怎么办呢？
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1楼2014-05-13 08:38:06
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wangjhsl

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yuehedou at 2014-05-13 09:09:05
这是正常的啊，你要什么样子的？
只想要正链结果的话，你可以从结果中筛选和你的query链正向一致的，或者可以做本地blast，只选择正链或负链进行比对

首先谢谢你的回答，我想要的结果是：我的DNA链和Blast比对的是正相互补，我从Blast里比对的和我链都是反向互补，该怎么才能变成正相互补？我现在用的是反向互补，在MEGA里做出的进化树不对啊。。。。
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3楼2014-05-14 10:50:27
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-13 13:01:52
这是正常的啊，你要什么样子的？
只想要正链结果的话，你可以从结果中筛选和你的query链正向一致的，或者可以做本地blast，只选择正链或负链进行比对
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
2楼2014-05-13 09:09:05
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
wangjhsl(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:11:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by wangjhsl at 2014-05-14 10:50:27
首先谢谢你的回答，我想要的结果是：我的DNA链和Blast比对的是正相互补，我从Blast里比对的和我链都是反向互补，该怎么才能变成正相互补？我现在用的是反向互补，在MEGA里做出的进化树不对啊。。。。...

最简单的就是把你自己的DNA链反向互补，然后做进化树就可以了
http://www.bioinformatics.org/sms/rev_comp.html

如果blast出来的结果都是反向的，你就得考虑测序公司是不是给了你反义链的测序结果。
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4楼2014-05-17 12:02:16
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wangweijian

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
wangjhsl(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-17 19:11:50
把你的序列反向互补后再blast试试
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5楼2014-05-17 13:58:58
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