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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求帮忙分析一下关于PCR产物电泳图片
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)

[求助] 求帮忙分析一下关于PCR产物电泳图片 已有1人参与

本来打算做巢式PCR，设计了两对引物，可是做出来之后看电泳结果反而不如之前用一对引物的明显了···

一个是先用外侧正反引物做touch down，产物作为模板，用内侧正反引物进行PCR；
另一个是直接用内侧的正反引物做个touch down然后用产物做模板进行PCR

另外，分别用三种不同的海参组织cDNA做模板进行实验（肠道、体壁、呼吸树）


小弟是个刚开始学分子生物学的新手，希望能帮忙分析一下出现这种现象的原因是什么呢？
为什么第二个体壁的电泳条带是那样的呢？
前面三个是不是除了引物二聚体还有别的东西在里面呢？
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1楼 2014-09-27 20:32:54
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bwangel

银虫 (小有名气)
图不见
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2楼2014-09-28 08:22:02
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cuihao102

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+4, 鼓励交流 2014-09-28 09:26:50
首先，可以试试目的引物直接PCR，调整好条件，既然你说“可是做出来之后看电泳结果反而不如之前用一对引物的明显了”，说明这样应该是可行的，只是条件没有优化。
其次，并不是touch down就一定比正常的PCR要好，只有后者实在行不通才试用touch down。
另外，可以先用外侧引物直接扩增，检验其产物，然后回收，再以其为模板扩增目的产物，因为如果直接在体系中加2对引物也可能会引起错配。
最后，检查一下cDNA质量。
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3楼2014-09-28 09:14:23
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cuihao102 at 2014-09-28 09:14:23
首先，可以试试目的引物直接PCR，调整好条件，既然你说“可是做出来之后看电泳结果反而不如之前用一对引物的明显了”，说明这样应该是可行的，只是条件没有优化。
其次，并不是touch down就一定比正常的PCR要好，只 ...

非常感谢您的回答！
请问电泳图片体壁的那一条为什么会出现那样的情况呢？后面三个好像只有引物二聚体的感觉，那么左边的是不是说很可能有目的片段在里面了呢？
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4楼2014-09-28 17:13:53
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cuihao102

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
sdjnyxn123(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-04 22:15:53
不知道你目的产物是多大，看着像是有东西，但也有可能是杂带！如果想确定的话再P一次，重跑一下看看是不是还是这样。
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5楼2014-09-28 18:59:21
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狼王啊

铁虫 (初入文坛)
第二次PCR时，把第一次PCR的产物稀释一下做模板，试一试？？
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6楼2014-09-30 20:45:41
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sdjnyxn123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 狼王啊 at 2014-09-30 20:45:41
第二次PCR时，把第一次PCR的产物稀释一下做模板，试一试？？

之前问了下老师，老师还是让做巢式PCR，但是外侧引物的PCR体系用AD酶替代了r-Taq，最后的电泳结果居然出条带了···当然，还是感谢你的回答！
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7楼2014-10-02 19:02:52
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