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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求教：是否需要克隆测序，还是仅PCR测序就足够了？
汕头大学海洋科学接受调剂
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曼妥思薄荷糖

新虫 (初入文坛)

[求助] 求教：是否需要克隆测序，还是仅PCR测序就足够了？ 已有4人参与

我从环境中分分离某种目的细菌，对样品分离纯化后，提出DNA后进行测序，是否需要克隆测序，还是仅PCR测序就足够了？谁能给我说说两者的区别，克隆测序是否有必要？
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1楼 2014-08-27 09:37:29
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
曼妥思薄荷糖: 金币+18, ★★★很有帮助 2014-10-26 10:58:12
PCR产物可以做高通量测序，不过根据方法的不同需要使用特殊的引物和加入barcode序列。
克隆测序是将PCR产物连接到载体质粒上，质粒再通过转化进入感受态细胞，细胞拿去涂板，形成单菌落后，挑取单菌落拿去做Sanger测序。
环境来源的PCR产物不可以直接拿去做传统的Sanger测序，因为PCR产物不是来自单一纯菌，做不了Sanger测序
除非你已经分离得到了纯菌，PCR产物才能做Sanger测序
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5楼2014-10-25 15:45:26
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RuyangHan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不知道你的目的是什么？ 假如就想知道序列，PCR测序就够了。PCR测序测定是你PCR扩增出来的DNA片段（包括很多拷贝），克隆测序的话是把PCR产物其中一个片段连到载体然后在细胞中有复制了很多质粒，然后用质粒做底物来测序，所以克隆测序就是测其中的一个片段。
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2楼2014-08-27 12:46:19
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yuren2009

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
曼妥思薄荷糖(dllchina代发): 金币+2, 正解 2014-08-27 22:20:04
简单来说，克隆测序就是最后得出的序列包括你的引物，直接测序序列前后50左右的碱基是不准确的，没有引物序列。你要是个准确鉴定或发文章用，最好作个克隆，但成本高一些。
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学习使你立于不败之地
3楼2014-08-27 17:24:44
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
单向PCR是初步鉴定，决定是否要当做新种的前一步，还有就是别人寄给你菌种，测个单反应，验证一下。
克隆一般是为了构建系统进化树~（说明你前一步比对相似度很低~有新种的潜力）
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4楼2014-08-27 22:22:01
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