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梦梦神

新虫 (初入文坛)

[求助] 溶解曲线不好荧光定量pcr的数据就用不了吗? 已有6人参与

溶解曲线不好荧光定量pcr的数据就用不了吗?
溶解曲线不好荧光定量pcr的数据就用不了吗?-1[/img]
以PCR产物纯化后为模板进行荧光定量PCR,目的基因nxrB,如图
1溶解曲线的这两个杂峰第一个是二聚体第二个是非特异性扩增是吗?
2我退火温度从55提高一直到这次的63度,引物浓度也减半了(到5uM)可二聚体还是存在,这种情况该怎么优化实验条件?
3引物序列是根据文献上应该说比较成熟了的来合成的,看到些帖子说是污染了,在不重提DNA前提下有哪些地方可以优化的呢?
4扩增曲线看还是可以的,但是不是溶解曲线不好数据就完全用不了啊?
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

冷雁孤旅

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
西门吹雪170: 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-08-20 16:56:40
你的图是有引物二聚体以及非特异信不过扩增。
解决方案:
1.减少酶的用量。
2.稀释引物浓度,我使用的是200mM.你的浓度太大引物的,你看看你的SYBR I 要求的最佳浓度时多少。
(以上2个步骤可以按照普通PCR来进行摸索 优化条件以后在上荧光 这样节约试剂)
3.重新设计引物(最根本的方法)
4.稀释模板浓度,我一般吧普通PCR的产物取用稀释10-3次方到10-7次方来做。
4.有可能是有分子污染,建议配试剂和加样在不同房间进行,一次加样一个枪头,操作间要是没条件的话,你可以使用大量酒精喷工作台,搽干净桌面。或者是用大量水冲洗工作台。并且QPCR产物不要乱扔,尽量丢远点,我一般丢在其他实验室操作间以外的的垃圾桶。希望对你有用 手打 不容易 祝顺利
生命不息奋斗不止
8楼2014-08-08 17:47:21
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空谷幽风

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
把PCR产物连到T载体上去测个序,如果测序结果不错就qPCR结果就可以用
a?,c??ae~?a,EURc§?c?μé-,cs,,a‘?é?“i1/4?i1/4?i1/4?i1/4?
2楼2014-08-06 11:17:10
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
产物不纯可信度差
3楼2014-08-06 11:30:42
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songzuowei

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
梦梦神(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-06 13:15:56
梦梦神: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-07 16:39:54
1.是的,解决方法:将现有引物稀释100倍试一下或者重新设计引物
2,引物稀释100倍:
3,可以重新设计引物
4,溶解曲线这个样子说明有非特异性扩增,qPCR本身就是非常灵敏的实验,这个数据是不可信的
4楼2014-08-06 12:34:23
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-20 16:57:11
溶解曲线非单一峰,这样的数据不能用,可以跑个电泳看下是否有非特异扩增,如果有,那建议换引物,如果只是有引物二聚体,那再降低引物用量试试。
www------sr-------------
7楼2014-08-06 16:41:44
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普通回帖

happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-06 15:53:19
梦梦神: 金币+7, ★★★很有帮助 2014-08-07 16:40:06
数据不能用,溶解曲线不是单一的峰,说明有非特异性扩增。
不知道你是要检测拷贝数还是表达量方面的
建议多设计几对引物,至少3对,同时上机做,平行条件看哪对引物好用。
5楼2014-08-06 15:40:55
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gu666hong

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-20 16:56:58
肯定不能用 ,先优化条件再做吧,模板,引物浓度,Mg2+浓度都可以试试,实在不行再重新设计引物,
6楼2014-08-06 16:07:09
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梦梦神

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 冷雁孤旅 at 2014-08-08 17:47:21
你的图是有引物二聚体以及非特异信不过扩增。
解决方案:
1.减少酶的用量。
2.稀释引物浓度,我使用的是200mM.你的浓度太大引物的,你看看你的SYBR I 要求的最佳浓度时多少。
(以上2个步骤可以按照普通PCR来进 ...

谢谢,除了没换引物其他都是过了,效果依然不好。看来要重新选引物了。谢谢
9楼2014-08-14 15:07:45
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梦梦神

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by songzuowei at 2014-08-06 12:34:23
1.是的,解决方法:将现有引物稀释100倍试一下或者重新设计引物
2,引物稀释100倍:
3,可以重新设计引物
4,溶解曲线这个样子说明有非特异性扩增,qPCR本身就是非常灵敏的实验,这个数据是不可信的

好的 问题解决中 以后多多交流请多指教
10楼2014-08-14 15:08:37
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