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biology-girl

新虫 (正式写手)

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[求助] RNA 反转录后依然有内含子序列？已有3人参与

如题，最近克隆一个基因，但是有内含子，遂提取RNA 后反转录，可是测序结果回来后发现还是有内含子序列。请问各位大侠设施怎么回事？是我的方法操作有问题？还是NCBI 上公布的有问题（此基因以前没人克隆过） PS：没人克隆过那个基因，那NCBI 上的CDS 区是怎么得来的？是不是NCBI上的不对呀？

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1楼 2014-07-19 08:43:40

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luwei13566

木虫 (正式写手)

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【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+6, 鼓励交流！ 2014-07-19 16:49:17
gyesang: 回帖置顶 2014-07-27 20:59:55

1.你的基因上应该不止一个内含子吧。你提出来的RNA是只保留了其中的几个内含子还是所有的内含子全部存在？如果内含子全部存在我就有理由怀疑你的RNA中是否有基因组的污染。你首先需要排除这个可能
2.如果只是一部分内含子存在那你得排除没有正常剪切这种情况。你说的挑了十几个重组菌提了质粒后测序是在一个平板上长的转化子吗？你的平板上长了有多少个转化子？你这种情况挑十几个还是太少了。要有说服力至少得挑50个—100个吧。然后算一个你这种带内含子的比例，另外你还得再提一次RNA重复1—2次试验。一般不充分的剪切和你的培养条件还是有关系的，如果可以的话试着换一下培养条件试试。
3.如果把不正常剪切这种情况排除，证明你的实验结果是合理的。那你下一步还需要尝试质疑NCBI上已提交序列的合理性，首先就是功能对比验证，用融合PCR除去那个内含子得到和NCBI上一致的基因作为你的这个带内含子基因的对照，之后一起表达蛋白进行功能验证，如果你的基因有功能而网上的基因没功能，那你就有推翻NCBI上那个序列的证据了。如果两个蛋白都有功能但是有差异的话，这就是个更有意思的结论了，从这个结果又可以延伸出一个课题。如果你不做功能的话，可以用个定量PCR从转录水平去验证。你想推翻现在已有的结果就必须拿出有力的证据。
4.你的这个结果只要证据充分而且你研究的这个基因的意义明显一篇高分SCI是跑不了的，如果只是提个RNA，测个序列算个比例的话，sci很困难。