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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 分子生理 » RNA 反转录后 还有内含子？
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biology-girl

新虫 (正式写手)

[求助] RNA 反转录后 还有内含子？ 已有4人参与

我是提取的RNA 做反转录，但是转录的片段测序后 发现和有内含子的序列，但是又不是完全有内含子，只是含有部分内含子的序列，请问这是说明内含子的位置网上预测的不准确 ？ 还是我反转录的时候出了什么问题，跑RNA 的时候没有发现DNA带呀！！！
PS： NCBI 上的CDS 区 是分段的是不是说明中间的空格基因就是内含子序列？
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1楼 2014-05-29 18:11:56
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

谁呀你是谁呀

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-29 23:02:10
选择性拼接造成的
内含子本身就是相对的 剪掉了 就是内含子 没剪掉就是外显子了
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等等等等
8楼2014-05-29 19:28:56
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Neo2000

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可能是可变剪切，也可能是预测出错了，这个很正常

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2014-05-29 19:21:15
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普通回帖

biology-girl

新虫 (正式写手)
帮自己顶一下。希望更多的人参与！！！！
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2楼2014-05-29 18:44:02
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人
★ ★ ★
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西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-05-29 20:34:52
在NCBI里搜索你想要的基因序列，最好不要用Nucleotide,从这里面一堆垃圾中找到你想要的，真的与捞针差不多。
选 择GENE和UNIGENE，这两个都可以，去查，然后再后面找到你所要的物种。后面的链接，自己点开就可以了。
complete cds 即完全编码区，当然是只有外含子了，而且是完整阅读框，如果序列性质是mRNA,就不含内含子。
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
3楼2014-05-29 18:46:22
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biology-girl

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-05-29 18:46:22
在NCBI里搜索你想要的基因序列，最好不要用Nucleotide,从这里面一堆垃圾中找到你想要的，真的与捞针差不多。
选 择GENE和UNIGENE，这两个都可以，去查，然后再后面找到你所要的物种。后面的链接，自己点开就可以了 ...

我找到基因的 mRNA序列了，不过我克隆的基因还是比他多了些基因。
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4楼2014-05-29 19:03:59
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by biology-girl at 2014-05-29 19:03:59
我找到基因的 mRNA序列了，不过我克隆的基因还是比他多了些基因。...

一模一样就不对了，上传不到NCBI，这才能说明你的材料具有本地特色
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
5楼2014-05-29 19:08:34
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biology-girl

新虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-05-29 19:08:34
一模一样就不对了，上传不到NCBI，这才能说明你的材料具有本地特色...

6楼2014-05-29 19:16:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
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反转的时候用的是oligodT还是随机引物？
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9楼2014-05-29 22:20:43
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biology-girl

新虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-29 22:20:43
反转的时候用的是oligodT还是随机引物？

用的oligodT
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10楼2014-05-29 22:52:03
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