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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基因序列比对 内含子比对
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wei_suzhen

新虫 (小有名气)

[求助] 基因序列比对 内含子比对

刚克隆测序完黑曲霉中的一个基因，在NCBI上blast后，它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对；导师想让我用一个软件来比对下我克隆基因的内含子序列是否正确？现在不知道用什么软件来比对基因的内含子？
亲们，你们一般用什么软件来比对你克隆的基因序列除了 用ncbi blast外?
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1楼 2012-12-23 09:57:47
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ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 你的问题交代不够明确：“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对”，这是什么意思？
2. 什么基因有内含子和外显子？
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2楼2012-12-24 12:42:09
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wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-24 12:42:09
1. 你的问题交代不够明确：“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对”，这是什么意思？
2. 什么基因有内含子和外显子？

它是黑曲霉的一个内源基因，blast时，它和我基因的mRNA比对，这样我测序的基因的内含子就无法比对了。想问问有没有比对内含子的软件？
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3楼2012-12-25 08:43:52
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ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不清楚你这个物种有没有全基因测序，你Blast的时候把对象由mRNA改成Genome试试看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2012-12-25 09:09:48
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ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 08:43:52
它是黑曲霉的一个内源基因，blast时，它和我基因的mRNA比对，这样我测序的基因的内含子就无法比对了。想问问有没有比对内含子的软件？...

1. 原核生物是没有内含子、外显子之区别的；
2. 内源基因是和外源基因对应的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。
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5楼2012-12-25 12:38:31
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wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-25 12:38:31
1. 原核生物是没有内含子、外显子之区别的；
2. 内源基因是和外源基因对应的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。...

我是真核基因，黑曲霉基因
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6楼2012-12-25 18:14:17
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ghqiu2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 18:14:17
我是真核基因，黑曲霉基因...

搞错了，以为是原核的，呵。。。
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7楼2012-12-25 19:44:26
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匿名

用户注销 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
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8楼2012-12-25 21:06:07
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wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-12-25 21:06:07
你可以用比对软件进行 但是很多软件有的位置是比对不上的 需要手动进行修改

哦，谢谢
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9楼2012-12-26 10:40:36
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