应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 基因序列比对 内含子比对
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 1687  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wei_suzhen

新虫 (小有名气)

[求助] 基因序列比对 内含子比对

刚克隆测序完黑曲霉中的一个基因，在NCBI上blast后，它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对；导师想让我用一个软件来比对下我克隆基因的内含子序列是否正确？现在不知道用什么软件来比对基因的内含子？
亲们，你们一般用什么软件来比对你克隆的基因序列除了 用ncbi blast外?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-12-23 09:57:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1. 你的问题交代不够明确：“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对”，这是什么意思？
2. 什么基因有内含子和外显子？
赞一下 回复此楼
2楼2012-12-24 12:42:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-24 12:42:09
1. 你的问题交代不够明确：“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对，不与我的目的基因比对”，这是什么意思？
2. 什么基因有内含子和外显子？

它是黑曲霉的一个内源基因，blast时，它和我基因的mRNA比对，这样我测序的基因的内含子就无法比对了。想问问有没有比对内含子的软件？
赞一下 回复此楼
3楼2012-12-25 08:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不清楚你这个物种有没有全基因测序，你Blast的时候把对象由mRNA改成Genome试试看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-12-25 09:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 08:43:52
它是黑曲霉的一个内源基因，blast时，它和我基因的mRNA比对，这样我测序的基因的内含子就无法比对了。想问问有没有比对内含子的软件？...

1. 原核生物是没有内含子、外显子之区别的；
2. 内源基因是和外源基因对应的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。
赞一下 回复此楼
5楼2012-12-25 12:38:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-25 12:38:31
1. 原核生物是没有内含子、外显子之区别的；
2. 内源基因是和外源基因对应的；
3. NCBI blast 基本上是最好的。...

我是真核基因，黑曲霉基因
赞一下 回复此楼
6楼2012-12-25 18:14:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghqiu2005

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 18:14:17
我是真核基因，黑曲霉基因...

搞错了，以为是原核的，呵。。。
赞一下 回复此楼
7楼2012-12-25 19:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖仅楼主可见
赞一下
8楼2012-12-25 21:06:07
已阅   申请MolEPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

wei_suzhen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 大-木-虫 at 2012-12-25 21:06:07
你可以用比对软件进行 但是很多软件有的位置是比对不上的 需要手动进行修改

哦，谢谢
回复此楼
9楼2012-12-26 10:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wei_suzhen 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +9 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-05 9/450 2026-04-05 22:24 by dongzh2009
[有机交流] 甲醇/二氯 1:15过柱子 5+3 a哎y呦w喂 2026-03-31 3/150 2026-04-05 10:42 by 88817753
[考研] 调剂求助 +10 想换手机不想解� 2026-04-02 13/650 2026-04-05 09:41 by sam3303
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 295求调剂 +4 A你好研究生 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:46 by yu221
[考研] 302求调剂一志愿华中师范大学 +8 小江小江江江 2026-04-02 8/400 2026-04-04 19:50 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿0817化学工程与技术，求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 求生物学专业调剂-332分 +5 云朵遛弯指南 2026-04-04 5/250 2026-04-04 10:05 by rzh123456
[考研] 考研调剂 +3 Draa 2026-04-03 3/150 2026-04-03 17:37 by hgwz7468
[考研] 重庆大学材料与化工085600，初试370+，求求调剂建议 +8 shzhou_ 2026-04-01 9/450 2026-04-03 09:31 by 蓝云思雨
[考研] 化学070300-总分378-求调剂 +5 挪椅子的泡泡糖 2026-04-02 5/250 2026-04-02 22:20 by ZXlzxl0425
[考研] 318求调剂 +3 笃行致远. 2026-03-31 4/200 2026-04-02 15:56 by Jaylen.
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +8 pipiver 2026-03-30 8/400 2026-04-02 12:01 by ms629
[考研] 11408 321分求调剂 +3 huchun12138 2026-03-30 4/200 2026-04-01 22:48 by guanxin1001
[考研] 085602化学工程268分蹲调剂 +8 月照花林。 2026-04-01 8/400 2026-04-01 22:08 by 无际的草原
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-30 16/800 2026-04-01 17:58 by 邱gl
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
[考研] 英一数一总分334求调剂 +4 陈阳坤 2026-03-31 4/200 2026-03-31 14:22 by 记事本2026
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭