24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1717  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

wei_suzhen

新虫 (小有名气)

[求助] 基因序列比对 内含子比对

刚克隆测序完黑曲霉中的一个基因,在NCBI上blast后,它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对,不与我的目的基因比对;导师想让我用一个软件来比对下我克隆基因的内含子序列是否正确?现在不知道用什么软件来比对基因的内含子?
亲们,你们一般用什么软件来比对你克隆的基因序列除了 用ncbi blast外?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wei_suzhen at 2012-12-25 18:14:17
我是真核基因,黑曲霉基因...

搞错了,以为是原核的,呵。。。
7楼2012-12-25 19:44:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

ghqiu2005

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1. 你的问题交代不够明确:“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对,不与我的目的基因比对”,这是什么意思?
2. 什么基因有内含子和外显子?
2楼2012-12-24 12:42:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wei_suzhen

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ghqiu2005 at 2012-12-24 12:42:09
1. 你的问题交代不够明确:“它只与黑曲霉基因组和我的基因的mRNA比对,不与我的目的基因比对”,这是什么意思?
2. 什么基因有内含子和外显子?

它是黑曲霉的一个内源基因,blast时,它和我基因的mRNA比对,这样我测序的基因的内含子就无法比对了。想问问有没有比对内含子的软件?
3楼2012-12-25 08:43:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ccharlien

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不清楚你这个物种有没有全基因测序,你Blast的时候把对象由mRNA改成Genome试试看

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2012-12-25 09:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[考研] 320求调剂 +6 深郊akm 2026-04-17 6/300 2026-04-20 18:57 by fs26jie
[论文投稿] 期刊推荐 +3 材料研究生 2026-04-15 5/250 2026-04-20 16:02 by 豆豆7758
[考研] 297,工科调剂?河南农业大学本科 +15 河南农业大学-能 2026-04-14 15/750 2026-04-20 12:39 by Equinoxhua
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 5/250 2026-04-20 10:47 by YuY66
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考研] 通信工程求调剂!!! +7 zlb770521 2026-04-14 7/350 2026-04-19 20:56 by Equinoxhua
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-14 11/550 2026-04-19 17:16 by 中豫男
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂推荐 +9 小聂爱学习 2026-04-14 9/450 2026-04-19 17:03 by 中豫男
[考研] 307中医考研调剂 +9 于以采蘩 2026-04-14 9/450 2026-04-19 08:41 by 烟雨流涯
[考研] 294求调剂 +15 淡然654321 2026-04-15 15/750 2026-04-19 08:20 by cuisz
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
信息提示
请填处理意见