应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 如何P一个全长基因？
141/1返回列表
查看: 3887  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hshzhq

铜虫 (正式写手)

[交流] 如何P一个全长基因？

现在P某个基因的CDS全长序列，一般是按照ATG开头和TGA/TAG结尾设计20个以上的引物，那么如果引物序列是在20-30个长的话，需要注意哪些信息才能设计出比较好的优化的引物呢？
平常大家都说25、26个左右就可以了，但是做实验当然希望能优化一下比较好，一般大家是用哪种软件优化的？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子问题及解决方案汇总

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2012-03-01 11:04:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hubinghello

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
完整的cds是包括5‘和3’UTR的，这个结果出来了实验也做差不多了。
但是实验过程中，我们口头上讲的全长是指ORF，从ATG到TAG/TAA/TGA。
赞一下(2人) 回复此楼
13楼2012-05-12 14:39:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

eagle00768

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:04:53
用DNAMAN试试，我们一般用这个设计出来的引物效果还不错，把引物序列输进去，然后它会给你分析有没有自连现象，也会出来退火温度和GC含量等，一般GC含量选用40%-60%，两条引物之间的退火温度不要相差太大，最好不要超过15度吧，长度的话，我一般都是先输入21个碱基，然后再根据分析的结果进行调整。不知道这个对你有没有帮助
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-03-01 11:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:05:06
设计引物可以试试NCBI的在线工具Primer-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome

扩基因全长建议采用巢式PCR。先设计一对质量较高、产物较大（至少包含基因的编码区全长）的引物，扩出目的片段后作为模板，再用用于分子克隆的引物扩增。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2012-03-01 12:46:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

22148942

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小丹木木(金币+2): 鼓励 2012-03-03 11:46:06
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结果设计合适的引物做RACE，就可以得到基因的全长了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-03-02 15:03:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

22148942

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by hshzhq at 2012-03-10 23:41:56:
这里是要P出基因的全长，标准全长就是完成的CDS序列，不知道这些人回答的时候都在想什么。又不是不知道全长序列的。

基因的全长就是CDS序列？你这个定义就不对
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-03-11 11:42:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiafeimao21

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by hshzhq at 2012-03-13 15:16:30:
楼上的是第一次做实验？要跟你解释完整的内含子和外显子序列吗？是不是说太阳出来还不许是跟大家说明太阳是从东边出来啊？

在地球上，太阳确实从东边升起。不过在金星上可就相反了。确实需要说明一下吧。
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2012-03-16 11:07:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

快乐的小傻瓜

木虫 (著名写手)
挺有用的。。。
回复此楼
5楼2012-03-02 22:21:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

华晔-123

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 22148942 at 2012-03-02 15:03:55:
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结 ...

我是菜鸟.....扩增出来后 为什么还要RCSE，直接纯化测序不行吗？
赞一下 回复此楼
6楼2012-03-09 23:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingxing8713

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by 华晔-123 at 2012-03-09 23:36:41:
我是菜鸟.....扩增出来后 为什么还要RCSE，直接纯化测序不行吗？

跑偏了。。。。能直接扩全长，为啥还要Race。浪费时间和金钱呢
赞一下 回复此楼
7楼2012-03-10 11:14:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hshzhq

铜虫 (正式写手)
这里是要P出基因的全长，标准全长就是完成的CDS序列，不知道这些人回答的时候都在想什么。又不是不知道全长序列的。
赞一下 回复此楼
8楼2012-03-10 23:41:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hshzhq

铜虫 (正式写手)
楼上的是第一次做实验？要跟你解释完整的内含子和外显子序列吗？是不是说太阳出来还不许是跟大家说明太阳是从东边出来啊？
赞一下 回复此楼
10楼2012-03-13 15:16:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kether

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 22148942 at 2012-03-02 15:03:55:
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结 ...

请问，如果是原核生物里面的某个基因，要想得到基因全长，能用RACE吗？
赞一下 回复此楼
11楼2012-03-15 20:55:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qaz139687

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by hubinghello at 2012-05-12 14:39:10
完整的cds是包括5‘和3’UTR的，这个结果出来了实验也做差不多了。
但是实验过程中，我们口头上讲的全长是指ORF，从ATG到TAG/TAA/TGA。

着么判断5’UTR是否全了呢？是不是克隆基因，只要拿到完整的ORF框，然后前面有一些碱基，不管5’UTR有多长都可以算全长了呢？
赞一下 回复此楼
14楼2015-07-17 14:14:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hshzhq 的主题更新
141/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭