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hshzhq

铜虫 (正式写手)

[交流] 如何P一个全长基因？

现在P某个基因的CDS全长序列，一般是按照ATG开头和TGA/TAG结尾设计20个以上的引物，那么如果引物序列是在20-30个长的话，需要注意哪些信息才能设计出比较好的优化的引物呢？
平常大家都说25、26个左右就可以了，但是做实验当然希望能优化一下比较好，一般大家是用哪种软件优化的？
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1楼 2012-03-01 11:04:37
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hubinghello

金虫 (小有名气)
★
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完整的cds是包括5‘和3’UTR的，这个结果出来了实验也做差不多了。
但是实验过程中，我们口头上讲的全长是指ORF，从ATG到TAG/TAA/TGA。
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13楼2012-05-12 14:39:10
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eagle00768

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:04:53
用DNAMAN试试，我们一般用这个设计出来的引物效果还不错，把引物序列输进去，然后它会给你分析有没有自连现象，也会出来退火温度和GC含量等，一般GC含量选用40%-60%，两条引物之间的退火温度不要相差太大，最好不要超过15度吧，长度的话，我一般都是先输入21个碱基，然后再根据分析的结果进行调整。不知道这个对你有没有帮助
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2楼2012-03-01 11:11:03
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hongqifei

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:05:06
设计引物可以试试NCBI的在线工具Primer-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome

扩基因全长建议采用巢式PCR。先设计一对质量较高、产物较大（至少包含基因的编码区全长）的引物，扩出目的片段后作为模板，再用用于分子克隆的引物扩增。
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3楼2012-03-01 12:46:22
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22148942

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小丹木木(金币+2): 鼓励 2012-03-03 11:46:06
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结果设计合适的引物做RACE，就可以得到基因的全长了
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4楼2012-03-02 15:03:55
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22148942

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by hshzhq at 2012-03-10 23:41:56:
这里是要P出基因的全长，标准全长就是完成的CDS序列，不知道这些人回答的时候都在想什么。又不是不知道全长序列的。

基因的全长就是CDS序列？你这个定义就不对
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9楼2012-03-11 11:42:31
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jiafeimao21

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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10楼: Originally posted by hshzhq at 2012-03-13 15:16:30:
楼上的是第一次做实验？要跟你解释完整的内含子和外显子序列吗？是不是说太阳出来还不许是跟大家说明太阳是从东边出来啊？

在地球上，太阳确实从东边升起。不过在金星上可就相反了。确实需要说明一下吧。
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12楼2012-03-16 11:07:57
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普通回帖

快乐的小傻瓜

木虫 (著名写手)
挺有用的。。。
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5楼2012-03-02 22:21:40
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华晔-123

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 22148942 at 2012-03-02 15:03:55:
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结 ...

我是菜鸟.....扩增出来后 为什么还要RCSE，直接纯化测序不行吗？
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6楼2012-03-09 23:36:41
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xingxing8713

银虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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6楼: Originally posted by 华晔-123 at 2012-03-09 23:36:41:
我是菜鸟.....扩增出来后 为什么还要RCSE，直接纯化测序不行吗？

跑偏了。。。。能直接扩全长，为啥还要Race。浪费时间和金钱呢
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7楼2012-03-10 11:14:53
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hshzhq

铜虫 (正式写手)
这里是要P出基因的全长，标准全长就是完成的CDS序列，不知道这些人回答的时候都在想什么。又不是不知道全长序列的。
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8楼2012-03-10 23:41:56
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hshzhq

铜虫 (正式写手)
楼上的是第一次做实验？要跟你解释完整的内含子和外显子序列吗？是不是说太阳出来还不许是跟大家说明太阳是从东边出来啊？
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10楼2012-03-13 15:16:30
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kether

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by 22148942 at 2012-03-02 15:03:55:
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结 ...

请问，如果是原核生物里面的某个基因，要想得到基因全长，能用RACE吗？
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11楼2012-03-15 20:55:14
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qaz139687

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
13楼: Originally posted by hubinghello at 2012-05-12 14:39:10
完整的cds是包括5‘和3’UTR的，这个结果出来了实验也做差不多了。
但是实验过程中，我们口头上讲的全长是指ORF，从ATG到TAG/TAA/TGA。

着么判断5’UTR是否全了呢？是不是克隆基因，只要拿到完整的ORF框，然后前面有一些碱基，不管5’UTR有多长都可以算全长了呢？
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14楼2015-07-17 14:14:01
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