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hshzhq

铜虫 (正式写手)

[交流] 如何P一个全长基因？

现在P某个基因的CDS全长序列，一般是按照ATG开头和TGA/TAG结尾设计20个以上的引物，那么如果引物序列是在20-30个长的话，需要注意哪些信息才能设计出比较好的优化的引物呢？
平常大家都说25、26个左右就可以了，但是做实验当然希望能优化一下比较好，一般大家是用哪种软件优化的？
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1楼 2012-03-01 11:04:37
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hubinghello

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
完整的cds是包括5‘和3’UTR的，这个结果出来了实验也做差不多了。
但是实验过程中，我们口头上讲的全长是指ORF，从ATG到TAG/TAA/TGA。
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13楼2012-05-12 14:39:10
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eagle00768

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:04:53
用DNAMAN试试，我们一般用这个设计出来的引物效果还不错，把引物序列输进去，然后它会给你分析有没有自连现象，也会出来退火温度和GC含量等，一般GC含量选用40%-60%，两条引物之间的退火温度不要相差太大，最好不要超过15度吧，长度的话，我一般都是先输入21个碱基，然后再根据分析的结果进行调整。不知道这个对你有没有帮助
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2楼2012-03-01 11:11:03
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hongqifei

木虫 (小有名气)
★ ★
hshzhq(金币+1):谢谢参与
小丹木木(金币+1): 鼓励 2012-03-01 17:05:06
设计引物可以试试NCBI的在线工具Primer-BLAST
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tool ... ?LINK_LOC=BlastHome

扩基因全长建议采用巢式PCR。先设计一对质量较高、产物较大（至少包含基因的编码区全长）的引物，扩出目的片段后作为模板，再用用于分子克隆的引物扩增。
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3楼2012-03-01 12:46:22
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22148942

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
小丹木木(金币+2): 鼓励 2012-03-03 11:46:06
1 对于已知基因，可以在编码区两端设计引物，直接扩增就可以了，然后总RACE，扩增基因全长；
2 如果要从某个基因家族里获取相应基因，可以通过基因序列比对，在高度保守区内设计引物，进行扩增后测序，根据测序结果设计合适的引物做RACE，就可以得到基因的全长了
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4楼2012-03-02 15:03:55
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