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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！
具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。
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1楼 2012-06-01 19:50:22
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回帖置顶 ( 共有1个 )

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl  your_file" 即可
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  • 附件 1 : rename.pl
    • 2012-06-02 15:15:28, 371 bytes

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Hi小木虫 Hi小木虫
4楼2012-06-02 15:18:06
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是把“>”行重命名一下呗？我给你写个简单的Perl脚本，你会运行不？
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3楼2012-06-02 15:01:44
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by Hi小木虫 at 2012-06-07 16:10:56
照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了...

那个2 是你的待修改文件名么？
并且要放到同一文件夹下哦～
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-06-07 17:00:07
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Hi小木虫: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 问题已解决 2012-06-08 12:26:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by Hi小木虫 at 2012-06-07 16:10:56
照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了...

这应该是没有包含 后缀的原因
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Hi小木虫
12楼2012-06-08 08:53:16
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普通回帖

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了
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2楼2012-06-01 21:08:06
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

谢谢了正在安装
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5楼2012-06-05 11:17:01
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by linyanfei at 2012-06-01 21:08:06
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了

主要是要把>。。。这一行简化
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6楼2012-06-05 11:17:57
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linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

4楼是专业人士呀！学习了！
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7楼2012-06-05 21:03:20
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了
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8楼2012-06-07 16:10:56
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-07 17:00:07
那个2 是你的待修改文件名么？
并且要放到同一文件夹下哦～...

还是不行，提示找不到指定文件
加上文件路径后，它会瞬间all done，但是原文件还是没变
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10楼2012-06-07 21:30:35
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