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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by Hi小木虫 at 2012-06-07 21:30:35
还是不行，提示找不到指定文件
加上文件路径后，它会瞬间all done，但是原文件还是没变...

我测试通过了的，我再详细说说：
待处理文件的文件名要包括后缀哦～比如： test.fasta / test.txt ;
然后在电脑上进入cmd (开始-运行-cmd)，然后切换到该文件夹下（cd命令）
然后就按我说的运行就可以了，这样的话，运行不会一闪而过，有什么问题也会报错，你把错误贴出来我帮你看看就行了
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11楼2012-06-08 08:52:39
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gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
Hi小木虫: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 问题已解决 2012-06-08 12:26:17
引用回帖:
8楼: Originally posted by Hi小木虫 at 2012-06-07 16:10:56
照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了...

这应该是没有包含 后缀的原因
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Hi小木虫
12楼2012-06-08 08:53:16
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
12楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-08 08:53:16
这应该是没有包含 后缀的原因...

终于搞好了，太感谢了
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13楼2012-06-08 12:25:24
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hxp9802

新虫 (小有名气)
gaoyang636，您好，我想问您，我想把>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequence这个只留下>194140302，如何实现啊？如何修改上面那个rename.pl 呢？
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过去，未来
14楼2014-01-21 22:49:11
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hxp9802

新虫 (小有名气)
比如：>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequence 太长，PRIMER3运行总出现错误，必须把名字简化，gi是唯一的mRNA号，我想保留它，将来好找这些序列的来源，您能不能帮我把那个ranme.pl 修改一下，批量保留GI号
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过去，未来
15楼2014-01-21 22:51:17
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hxp9802

新虫 (小有名气)
我知道了！
可以吧那个脚本第11行的 gb\|(\w+)\. 改为 gi\|(\d+)\|
其他不变，就可以了
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过去，未来
16楼2014-01-22 11:20:41
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周-叶-鸣

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Hi小木虫 at 2012-06-05 11:17:57
主要是要把>。。。这一行简化...

这个脚本能发给我一下吗
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17楼2014-06-15 17:26:26
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