| 查看: 2893 | 回复: 16 | ||
| 本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
如何处理大量的fasta格式的rna序列
|
||
|
我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！ 具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于 >gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT............... 转化为 >EU845739 GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG >EU845740 CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG AGCTTGCTCTTCAAC....... 希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。 |
回复此楼» 猜你喜欢
申博/考博
已经有8人回复
-
291求调剂
已经有12人回复
-
一志愿A区211，22408 321求调剂
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
一志愿中科大材料与化工，353分还有调剂学校吗
已经有13人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
期刊推荐
已经有5人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
-
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有4人回复
-
337求调剂
已经有3人回复
15楼2014-01-21 22:51:17
2楼2012-06-01 21:08:06
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- BioEPI: 17
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
3楼2012-06-02 15:01:44
gaoyang636
木虫 (著名写手)
- BioEPI: 17
- 应助: 202 (大学生)
- 金币: 4111.4
- 散金: 7
- 红花: 14
- 帖子: 1108
- 在线: 159.8小时
- 虫号: 384065
- 注册: 2007-05-27
- 专业: 基因组学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
|
lz你好，给你写了个小脚本； 运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads 安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl your_file" 即可 有问题欢迎留言 |
Hi小木虫4楼2012-06-02 15:18:06
5