应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
51/1返回列表
查看: 2799  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！
具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

技能GET

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-01 19:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

谢谢了正在安装
回复此楼
5楼2012-06-05 11:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 21:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是把“>”行重命名一下呗？我给你写个简单的Perl脚本，你会运行不？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2012-06-02 15:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl  your_file" 即可
有问题欢迎留言
赞一下(5人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : rename.pl
    • 2012-06-02 15:15:28, 371 bytes

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Hi小木虫 Hi小木虫
4楼2012-06-02 15:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 314求调剂 +8 无懈可击的巨人 2026-03-12 8/400 2026-03-18 14:50 by haxia
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-13 6/300 2026-03-18 14:14 by 脱颖而出
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +4 ioodiiij 2026-03-17 4/200 2026-03-18 12:36 by Linda Hu
[考研] 301求调剂 +9 yy要上岸呀 2026-03-17 9/450 2026-03-18 08:58 by 无际的草原
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 8/400 2026-03-17 16:57 by ruiyingmiao
[考研] 085600材料与化工求调剂 +5 绪幸与子 2026-03-17 5/250 2026-03-17 16:40 by laoshidan
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 333求调剂 +3 152697 2026-03-12 4/200 2026-03-13 07:08 by Iveryant
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭