应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
51/1返回列表
查看: 3171  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！
具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

技能GET

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-01 19:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-07 16:10:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 21:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是把“>”行重命名一下呗？我给你写个简单的Perl脚本，你会运行不？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2012-06-02 15:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl  your_file" 即可
有问题欢迎留言
赞一下(5人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : rename.pl
    • 2012-06-02 15:15:28, 371 bytes

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Hi小木虫 Hi小木虫
4楼2012-06-02 15:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +7 羊腰板 2026-08-21 7/350 2026-08-21 21:28 by iwuli
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 14/700 2026-08-21 16:51 by applepetty
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭