应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
51/1返回列表
查看: 2863  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！
具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

技能GET

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-01 19:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

照你说的做了之后，出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办？麻烦你了
赞一下 回复此楼
8楼2012-06-07 16:10:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 21:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是把“>”行重命名一下呗？我给你写个简单的Perl脚本，你会运行不？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2012-06-02 15:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl  your_file" 即可
有问题欢迎留言
赞一下(5人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : rename.pl
    • 2012-06-02 15:15:28, 371 bytes

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Hi小木虫 Hi小木虫
4楼2012-06-02 15:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +12 2261744733 2026-04-08 12/600 2026-04-08 23:55 by GouQ
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 326分，一志愿沪9，求生物学调剂 +4 刘墨墨 2026-04-05 4/200 2026-04-08 06:22 by lijunpoly
[考研] 326求调剂 +5 9ahye 2026-04-02 6/300 2026-04-07 21:37 by lijunpoly
[考研] 考研调剂 +7 15615482637 2026-04-04 7/350 2026-04-06 22:56 by chenzhimin
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 10/500 2026-04-06 19:47 by jean5056
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 一志愿吉林大学357分 +5 .Starry. 2026-04-04 5/250 2026-04-06 09:28 by cql1109
[考研] 化学357分，考研调剂 +11 .Starry. 2026-04-04 12/600 2026-04-06 06:28 by houyaoxu
[考研] 一志愿青科085500，初试295分，公共课213分 +3 遇到的人愿望都� 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:45 by 蓝云思雨
[考研] 326求调剂 +3 顾若浮生 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:32 by 蓝云思雨
[考研] 考研调剂 +3 mcbbc 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:03 by barlinike
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 机械专硕297 +3 Afksy 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:24 by 1753564080
[考研] 330求调剂 +3 白神呜呼呼 2026-04-02 3/150 2026-04-03 10:15 by 蓝云思雨
[考研] 293求调剂 +4 珂珂乐 2026-04-02 4/200 2026-04-02 20:10 by 6781022
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭