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Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了!!!!
具体是在记事本上以fasta格式打开,将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命,我快被它折磨死了。
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好,给你写了个小脚本;
运行前需要安装Perl,Windows平台可以使用这个下载地址:http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后,把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下,在cmd下 ...

谢谢了正在安装
5楼2012-06-05 11:17:01
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Hi小木虫

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引用回帖:
2楼: Originally posted by linyanfei at 2012-06-01 21:08:06
楼主要那么多序列干嘛呀?你打开的时候可以直接打开fasta格式的,粘贴到记事本里就可以了

主要是要把>。。。这一行简化
6楼2012-06-05 11:17:57
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Hi小木虫

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引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好,给你写了个小脚本;
运行前需要安装Perl,Windows平台可以使用这个下载地址:http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后,把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下,在cmd下 ...

照你说的做了之后,出现了
rename.pl 2
Number found where operator expected at - line 1,near"pl 2"
     (Do you need to predeclare pl ? )
接下来应该怎么办?麻烦你了
8楼2012-06-07 16:10:56
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Hi小木虫

新虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-07 17:00:07
那个2 是你的待修改文件名么?
并且要放到同一文件夹下哦~...

还是不行,提示找不到指定文件
加上文件路径后,它会瞬间all done,但是原文件还是没变
10楼2012-06-07 21:30:35
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Hi小木虫

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引用回帖:
12楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-08 08:53:16
这应该是没有包含 后缀的原因...

终于搞好了,太感谢了
13楼2012-06-08 12:25:24
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