应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 如何处理大量的fasta格式的rna序列
51/1返回列表
查看: 3422  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 BioEPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)

[求助] 如何处理大量的fasta格式的rna序列

我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！
具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于
>gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG
GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA
AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT...............
转化为
>EU845739
GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG
>EU845740
CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG
AGCTTGCTCTTCAAC.......

希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

技能GET

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-06-01 19:50:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就是把“>”行重命名一下呗？我给你写个简单的Perl脚本，你会运行不？
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2012-06-02 15:01:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

linyanfei

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
楼主要那么多序列干嘛呀？你打开的时候可以直接打开fasta格式的，粘贴到记事本里就可以了
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-01 21:08:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoyang636

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl  your_file" 即可
有问题欢迎留言
赞一下(5人) 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : rename.pl
    • 2012-06-02 15:15:28, 371 bytes

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

Hi小木虫 Hi小木虫
4楼2012-06-02 15:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Hi小木虫

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-06-02 15:18:06
lz你好，给你写了个小脚本；
运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads
安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下 ...

谢谢了正在安装
回复此楼
5楼2012-06-05 11:17:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 09:07 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 4/200 2026-11-11 08:34 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 07:08 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 5/250 2026-11-11 07:03 by Z7qfCsdIiD1T
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-11 06:57 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-11 04:54 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:12 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:56 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:32 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:10 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:02 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 22:39 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-10 20:45 by Z7qfCsdIiD1T
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭