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如何处理大量的fasta格式的rna序列
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我在ncbi上下载了上千个序列,急需一个简单一点的方法来处理,谢谢了！！！！ 具体是在记事本上以fasta格式打开，将类似于 >gi|194140302|gb|EU845739.1| Uncultured bacterium clone 1103200832590 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceGCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCG GCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG>gi|194140303|gb|EU845740.1| Uncultured bacterium clone 1103200832592 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGA AGTTGAAGAGCTTGCTCTTCAACT............... 转化为 >EU845739 GCCGCTGCAGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAAATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGG >EU845740 CAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGAAGTTGAAG AGCTTGCTCTTCAAC....... 希望有经验的好心人速度救命，我快被它折磨死了。 |
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gaoyang636
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3楼2012-06-02 15:01:44
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gaoyang636
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【答案】应助回帖
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silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
silicare: 金币+10, BioEPI+1, 应助指数+1 2012-06-08 13:37:50
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lz你好，给你写了个小脚本； 运行前需要安装Perl，Windows平台可以使用这个下载地址：http://www.activestate.com/activeperl/downloads 安装完之后，把你需要处理的fasta文件和这个脚本发到一个文件夹下，在cmd下输入"rename.pl your_file" 即可 有问题欢迎留言 |
Hi小木虫4楼2012-06-02 15:18:06
5楼2012-06-05 11:17:01
