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biology-girl

新虫 (正式写手)

[求助] RNA 反转录后依然有内含子序列? 已有3人参与

如题,最近克隆一个基因,但是有内含子,遂提取RNA 后反转录,可是测序结果回来后发现还是有内含子序列。请问各位大侠 设施怎么回事? 是我的方法操作有问题?还是NCBI 上公布的有问题(此基因以前没人克隆过) PS:没人克隆过那个基因,那NCBI 上的CDS 区 是怎么得来的? 是不是NCBI上的不对呀?
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biology-girl

新虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by luwei13566 at 2014-07-20 14:26:53
1.有没有污染先看你的测序结果,你的基因有几个内含子?而你的测序结果又保留了几个内含子?如果你的基因里包含了NCBI上所预测的所有内含子那基因组污染的可能性非常大。如果只包含一个或一部分内含子,那基因组污 ...

我用的是高保真酶,我们实验室除了菌落PCR 没人用taq酶。很正常我的基因有4KB那么大,假阳性率当然高。
10楼2014-07-21 09:21:07
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-19 16:48:49
我觉得你是对的   NCBI上的上传序列一般开始是用计算机预测的!恭喜你,发现了新的至少是mRNA
You can't depend on luck, so you had better focus on the others!
2楼2014-07-19 09:21:52
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yuehedou

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-07-19 16:48:57
可变剪接?或者你提出来的不是成熟mRNA而是它的前体?当然如楼上所说更好了。
每天都为自己的无知而羞耻!
3楼2014-07-19 10:43:11
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biology-girl

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by yuehedou at 2014-07-19 10:43:11
可变剪接?或者你提出来的不是成熟mRNA而是它的前体?当然如楼上所说更好了。

可是我已经重复了很多遍,重组菌找了十几个都是这种情况,这是不是可以排除可变剪切?
4楼2014-07-19 10:56:34
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