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hajierlove

铜虫 (正式写手)

[求助] 求助,引物设计 已有3人参与

ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCCTTCCAACCATTTTCCAAGGAAGAGCA
GTTGACAAGGATCAAGAAAATGAACGAAGAAGTGGAACCATTCCGCAAGA
ATCTCACCGAATGCGCACACCAGGTCAAAGCGAAAGCGACAGATGTGGAG
GATTTCCTGAAAAGAATACCACAGTCAACTGCTCAAGGGAAATGCTTCGT
CGCGTGCATTCTCAAAAGAAACGAGTTGATAAAAAACAACAAAATACAGA
AGGAAAGCCTCATAGAAGTTAATCGGGCAGTGTATGGAGACGACAGCGAG
GTCATGGCCCGCCTGAAGACAGCCATAATTGAATGCGAAGAGGTGGTATC
CGACATATTTGAGATTTGCGAGTATGCATCCATGTTTAATGACTGTATGC
ATATGAAAATGGAACATATTCTCGACAAAGTGACTATGGATAGGAGGATG
AAAGCCCTCGGACAGATGGCATCGGCCGACGCTTATACGGACGATTGGAC
TGAAGATGACGATGAAATATTACAATTGCTTAAAGACGAACTATAA


序列如上图,设计了几对引物,都扩不出来,将来要进行原核表达。精通引物设计的虫虫们,一起交流一下吧,新手,金币有限,海涵。谢谢啦
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踏实
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匿名

用户注销 (著名写手)

本帖仅楼主可见
14楼2014-07-17 21:06:27
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shyh1983

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-17 22:35:53
Sense:5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense:5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2014-07-17 15:57:55
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

首先,很感谢楼主,之前我的引物就是这样的可是怎么做都扩不出来
踏实
3楼2014-07-17 16:12:18
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by shyh1983 at 2014-07-17 15:57:55
Sense:5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense:5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'

我往前移了一段,准备送出去合成,再试试
踏实
4楼2014-07-17 16:12:49
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by shyh1983 at 2014-07-17 15:57:55
Sense:5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense:5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'

万分感谢楼主,还想问,3、端有发夹结构,一定阔不出来吗
踏实
5楼2014-07-17 16:13:21
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hajierlove(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-18 10:29:51
F:5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R:5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低,延长引物,小发夹不影响PCR。
6楼2014-07-17 16:40:53
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:40:53
F:5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R:5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低,延长引物,小发夹不影响PCR。

要加酶切位点和保护碱基的,这样引物35左右,太长了吧
踏实
7楼2014-07-17 19:51:48
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

GTAGGAATTGAAAAATTGGAAGATGACAACTATAATATACACAAAAAGGA
AAAAGTCAAGATAAGAGTTTACTATGAGGCTCTGTGTCCCGACTCCAAGT
TCTTCTTCATCAAGCACCTGGTGCCTGTCACTGAGAAATTGACAGATTTC
ATTGATGTCTCTCTTGTACCATATGGAAAAGCTACAACCACATCAGAAAA
TGGCCAGTACTTCTTTAAGTGTCAACATGGTGAGGAGGAGTGCTACGCTA
ACAAGATCCACTCTTGTTCCATTGAGTACCTCGGGAACATGACACGCTCT
GTGCAGTTTACTGGCTGCATGATTGCCGACAACATGGATGCTGATGCAGC
TCTAGACCGGTGTGGAAAAGAGTTCAAAGTGGACATTTCCAGGATCAGCA
GTTGTGCTGCCAGTGAGCACGGATCTGCTCTGCTGAAGAAACATGGAGAC
GACACACACATCATAGAGCCCGGTTTCATTCCAACTATTATAGTAAATAA
TTCCAAAGACAATCAACCAGCTTTACTCAAAAACTTCCTCCTAGAAGTAT
ATGACATAACAAATTGTGAGAACGGCGTGTTCAAGGACGACCAGAAGCTC
AAGTGCTACATGTTCTGTCTGCTAGAGGAGGCCAGTGTTGCTGATGAGAA
CGGCGTAGTAGACTACGAAATGATGATCAGCTTGATACCCGAGGACTATA
CAGAAAGAGTTTCAAAAATGATAATGGCCTGCAAACATCTAGATACACCA
GATAAGGATAAATGCCAAAGGGCGTTCGATGTTCATAAGTGTTCTTATGA
AAAGGATCCAGACGTAAGTTTCTAG
踏实
8楼2014-07-17 19:56:45
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:40:53
F:5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R:5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低,延长引物,小发夹不影响PCR。

楼主帮我再看看下面的序列,我感觉很多问题
1、cds序列起始的怎么不是起始密码子。
2、scaffold上面也是以他起始的,往前移一段也不行。
3、3‘端发夹真的没影响吗?
踏实
9楼2014-07-17 19:59:27
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

之前设计的是
F  CCGGAATTCGTAGGAATTGAAAAA
R ACGCGTCGACGAAACTTACGTC
前面是酶切位点和保护碱基p不出来,目的条带的没有
踏实
10楼2014-07-17 20:01:10
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