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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 求助，引物设计
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生

【答案】应助回帖

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引用回帖:
10楼: Originally posted by hajierlove at 2014-07-17 20:01:10
之前设计的是
F  CCGGAATTCGTAGGAATTGAAAAA
R ACGCGTCGACGAAACTTACGTC
前面是酶切位点和保护碱基p不出来，目的条带的没有

引物设计的3‘端最好不要有A，且不要有3个相似重复，你这是5个相同的A重复，吓死人啦！ 肯定跑不出来是，重新设计过吧！
你之前设计的引物是用什么软件设计的啊，这个怎么行？用NCBI的Primer-Blast设计吧！我觉得这个是最好的  比Primer5好
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11楼2014-07-17 20:46:52
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by hajierlove at 2014-07-17 19:51:48
要加酶切位点和保护碱基的，这样引物35左右，太长了吧...

我也觉得太长了  可以再延伸一下嘛
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12楼2014-07-17 20:47:54
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by hajierlove at 2014-07-17 19:59:27
楼主帮我再看看下面的序列，我感觉很多问题
1、cds序列起始的怎么不是起始密码子。
2、scaffold上面也是以他起始的，往前移一段也不行。
3、3‘端发夹真的没影响吗？...

起始密码自不一定都是ATG的  原核的有TAA TAG的  不过我怎么看你的上面那段都不像是有起始密码的   确定找对位置了么？
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13楼2014-07-17 20:50:36
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匿名

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14楼2014-07-17 21:06:27
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hajierlove

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引用回帖:
14楼: Originally posted by louis_cheung at 2014-07-17 21:06:27
35个也算长?经常使用一百多的飘过...
...

不会吧，长知识了，
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踏实
15楼2014-07-17 21:23:22
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 未婚 at 2014-07-17 20:50:36
起始密码自不一定都是ATG的  原核的有TAA TAG的  不过我怎么看你的上面那段都不像是有起始密码的   确定找对位置了么？...

刚才师兄说，那是预测的基因不完整，让我自己在看看
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踏实
16楼2014-07-17 21:24:09
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 未婚 at 2014-07-17 20:46:52
引物设计的3‘端最好不要有A，且不要有3个相似重复，你这是5个相同的A重复，吓死人啦！ 肯定跑不出来是，重新设计过吧！
你之前设计的引物是用什么软件设计的啊，这个怎么行？用NCBI的Primer-Blast设计吧！我觉得 ...

我只学会了primer5.谢谢楼主的意见
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踏实
17楼2014-07-17 21:25:17
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未婚

金虫 (正式写手)

分子小生
引用回帖:
14楼: Originally posted by louis_cheung at 2014-07-17 21:06:27
35个也算长?经常使用一百多的飘过...
...

请问您是做的什么啊  好好奇！
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18楼2014-07-17 21:44:42
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匿名

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19楼2014-07-17 21:50:09
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
7楼: Originally posted by hajierlove at 2014-07-17 19:51:48
要加酶切位点和保护碱基的，这样引物35左右，太长了吧...

做点突变的引物可以达到45
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20楼2014-07-18 08:48:26
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