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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » DNA重组 » 求助，引物设计
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hajierlove

铜虫 (正式写手)

[求助] 求助，引物设计 已有3人参与

ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCCTTCCAACCATTTTCCAAGGAAGAGCA
GTTGACAAGGATCAAGAAAATGAACGAAGAAGTGGAACCATTCCGCAAGA
ATCTCACCGAATGCGCACACCAGGTCAAAGCGAAAGCGACAGATGTGGAG
GATTTCCTGAAAAGAATACCACAGTCAACTGCTCAAGGGAAATGCTTCGT
CGCGTGCATTCTCAAAAGAAACGAGTTGATAAAAAACAACAAAATACAGA
AGGAAAGCCTCATAGAAGTTAATCGGGCAGTGTATGGAGACGACAGCGAG
GTCATGGCCCGCCTGAAGACAGCCATAATTGAATGCGAAGAGGTGGTATC
CGACATATTTGAGATTTGCGAGTATGCATCCATGTTTAATGACTGTATGC
ATATGAAAATGGAACATATTCTCGACAAAGTGACTATGGATAGGAGGATG
AAAGCCCTCGGACAGATGGCATCGGCCGACGCTTATACGGACGATTGGAC
TGAAGATGACGATGAAATATTACAATTGCTTAAAGACGAACTATAA


序列如上图，设计了几对引物，都扩不出来，将来要进行原核表达。精通引物设计的虫虫们，一起交流一下吧，新手，金币有限，海涵。谢谢啦
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踏实
1楼 2014-07-17 11:50:10
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

匿名

用户注销 (著名写手)
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14楼2014-07-17 21:06:27
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shyh1983

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-07-17 22:35:53
Sense：5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense：5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hajierlove
2楼2014-07-17 15:57:55
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
首先，很感谢楼主，之前我的引物就是这样的可是怎么做都扩不出来
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踏实
3楼2014-07-17 16:12:18
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shyh1983 at 2014-07-17 15:57:55
Sense：5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense：5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'

我往前移了一段，准备送出去合成，再试试
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踏实
4楼2014-07-17 16:12:49
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by shyh1983 at 2014-07-17 15:57:55
Sense：5'  ATGAACCTACCTCAAGTTTCACC  3'
Anti sense：5'  TCATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGT  3'

万分感谢楼主，还想问，3、端有发夹结构，一定阔不出来吗
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踏实
5楼2014-07-17 16:13:21
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hajierlove(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-07-18 10:29:51
F：5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R：5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低，延长引物，小发夹不影响PCR。
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6楼2014-07-17 16:40:53
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:40:53
F：5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R：5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低，延长引物，小发夹不影响PCR。

要加酶切位点和保护碱基的，这样引物35左右，太长了吧
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踏实
7楼2014-07-17 19:51:48
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
GTAGGAATTGAAAAATTGGAAGATGACAACTATAATATACACAAAAAGGA
AAAAGTCAAGATAAGAGTTTACTATGAGGCTCTGTGTCCCGACTCCAAGT
TCTTCTTCATCAAGCACCTGGTGCCTGTCACTGAGAAATTGACAGATTTC
ATTGATGTCTCTCTTGTACCATATGGAAAAGCTACAACCACATCAGAAAA
TGGCCAGTACTTCTTTAAGTGTCAACATGGTGAGGAGGAGTGCTACGCTA
ACAAGATCCACTCTTGTTCCATTGAGTACCTCGGGAACATGACACGCTCT
GTGCAGTTTACTGGCTGCATGATTGCCGACAACATGGATGCTGATGCAGC
TCTAGACCGGTGTGGAAAAGAGTTCAAAGTGGACATTTCCAGGATCAGCA
GTTGTGCTGCCAGTGAGCACGGATCTGCTCTGCTGAAGAAACATGGAGAC
GACACACACATCATAGAGCCCGGTTTCATTCCAACTATTATAGTAAATAA
TTCCAAAGACAATCAACCAGCTTTACTCAAAAACTTCCTCCTAGAAGTAT
ATGACATAACAAATTGTGAGAACGGCGTGTTCAAGGACGACCAGAAGCTC
AAGTGCTACATGTTCTGTCTGCTAGAGGAGGCCAGTGTTGCTGATGAGAA
CGGCGTAGTAGACTACGAAATGATGATCAGCTTGATACCCGAGGACTATA
CAGAAAGAGTTTCAAAAATGATAATGGCCTGCAAACATCTAGATACACCA
GATAAGGATAAATGCCAAAGGGCGTTCGATGTTCATAAGTGTTCTTATGA
AAAGGATCCAGACGTAAGTTTCTAG
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踏实
8楼2014-07-17 19:56:45
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-07-17 16:40:53
F：5-ATGAACCTACCTCAAGTTTCACCC
R：5-TTATAGTTCGTCTTTAAGCAATTGTAATATTTCATC
主要是你的3'末端序列Tm值太低，延长引物，小发夹不影响PCR。

楼主帮我再看看下面的序列，我感觉很多问题
1、cds序列起始的怎么不是起始密码子。
2、scaffold上面也是以他起始的，往前移一段也不行。
3、3‘端发夹真的没影响吗？
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踏实
9楼2014-07-17 19:59:27
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hajierlove

铜虫 (正式写手)
之前设计的是
F  CCGGAATTCGTAGGAATTGAAAAA
R ACGCGTCGACGAAACTTACGTC
前面是酶切位点和保护碱基p不出来，目的条带的没有
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踏实
10楼2014-07-17 20:01:10
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