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[交流]
求助怎么设计这样的引物
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转录组测序得到基因序列，用OFR finder得到OFR，比对到BLASTP得到了蛋白序列，想要利用这个OFR设计引物来克隆全长，我要怎么设计？有哪些注意事项？ 例如OFR：154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc M D Q F S L D E L A N Q F W A 199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc P S P A G S G I G P S S S A A 244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc V P P A A M N R S S S E W F F 289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg A K F L E E G S V T G V P S P 334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc N P D P S L N Q S V D S L K R 379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct G G D D D V V E I N R R E T A 424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag A G Q P P R S F D Q V A P L E 469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg V A D P V E H A A L L K Q K L 514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta A M C C A V V A M S W G S G V 559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca K P Q D S S L A E S R S Q S S 604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct D P S Q L G S Q T F V D G D A 649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg S K M K S K T G V A L G G V P 694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca A P H F L K N S A A Q A K P A 739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg T S G S S S D D D D L E G D L 784 gagataacagaaaacatggacccttctgatgcgaaacgtgtaagg E I T E N M D P S D A K R V R 829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga R M L S N R E S A R R S R R R 874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta K Q E H L S E L E A Q V S Q L 919 agaggtgaaaattcaactttgttaaagcggtttactgacataaat R G E N S T L L K R F T D I N 964 ctgaaatacaatgaagctgctgtgaacaatcggatactaaaagct L K Y N E A A V N N R I L K A 1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca D V E T L R A K V K M A E D S 1054 gtgaaaagagttacaggtgggagtcctatgtttccgacgatgtcg V K R V T G G S P M F P T M S 1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa D L S S I S M P F T G S P C E 1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc A S S D A A V P V R D D T N L 1189 ttcttccaggccccagtgtctgatcagagaattaacagccgacat F F Q A P V S D Q R I N S R H 1234 cctcagatgactactgcagctccgccagctgcagttgggggaaac P Q M T T A A P P A A V G G N 1279 ataggtggggctgtagccagcttggagcacctgcagagcaggatc I G G A V A S L E H L Q S R I 1324 tccggaggaccggtctcgggcggtgcaggacagtgggatgctgct S G G P V S G G A G Q W D A A 1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407 A G W N P G T S M N K E * Frame from to Length +1 154 .. 1407 1254 [ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ] |
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10楼2013-12-31 12:16:12
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
菜菜0929: 金币+3 2014-01-01 14:05:51
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
菜菜0929: 金币+3 2014-01-01 14:05:51
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是可行的，将测得的序列利用一个在线网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/sequence-analysis/就可以预测他的ORF，然后再设计全长扩增引物。 |
15楼2014-01-01 08:54:39
16楼2014-01-01 10:01:13
17楼2014-01-01 19:03:25
nono2009
超级版主 (文学泰斗)
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