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菜菜0929

木虫 (小有名气)

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[交流] 求助怎么设计这样的引物

转录组测序得到基因序列，用OFR finder得到OFR，比对到BLASTP得到了蛋白序列，想要利用这个OFR设计引物来克隆全长，我要怎么设计？有哪些注意事项？
例如OFR：154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc
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199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc
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244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc
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289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg
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334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc
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379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct
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424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag
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469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg
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514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta
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559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca
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604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct
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649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg
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694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca
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739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg
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829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga
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874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta
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964 ctgaaatacaatgaagctgctgtgaacaatcggatactaaaagct
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1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca
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1054 gtgaaaagagttacaggtgggagtcctatgtttccgacgatgtcg
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1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa
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1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc
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1189 ttcttccaggccccagtgtctgatcagagaattaacagccgacat
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1234 cctcagatgactactgcagctccgccagctgcagttgggggaaac
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1279 ataggtggggctgtagccagcttggagcacctgcagagcaggatc
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1324 tccggaggaccggtctcgggcggtgcaggacagtgggatgctgct
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1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407
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Frame  from  to Length
+1  154 .. 1407 1254

[ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ]

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