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菜菜0929

木虫 (小有名气)


[交流] 求助怎么设计这样的引物

转录组测序得到基因序列,用OFR finder得到OFR,比对到BLASTP得到了蛋白序列,想要利用这个OFR设计引物来克隆全长,我要怎么设计?有哪些注意事项?
例如OFR:154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc
        M  D  Q  F  S  L  D  E  L  A  N  Q  F  W  A
    199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc
        P  S  P  A  G  S  G  I  G  P  S  S  S  A  A
    244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc
        V  P  P  A  A  M  N  R  S  S  S  E  W  F  F
    289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg
        A  K  F  L  E  E  G  S  V  T  G  V  P  S  P
    334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc
        N  P  D  P  S  L  N  Q  S  V  D  S  L  K  R
    379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct
        G  G  D  D  D  V  V  E  I  N  R  R  E  T  A
    424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag
        A  G  Q  P  P  R  S  F  D  Q  V  A  P  L  E
    469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg
        V  A  D  P  V  E  H  A  A  L  L  K  Q  K  L
    514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta
        A  M  C  C  A  V  V  A  M  S  W  G  S  G  V
    559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca
        K  P  Q  D  S  S  L  A  E  S  R  S  Q  S  S
    604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct
        D  P  S  Q  L  G  S  Q  T  F  V  D  G  D  A
    649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg
        S  K  M  K  S  K  T  G  V  A  L  G  G  V  P
    694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca
        A  P  H  F  L  K  N  S  A  A  Q  A  K  P  A
    739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg
        T  S  G  S  S  S  D  D  D  D  L  E  G  D  L
    784 gagataacagaaaacatggacccttctgatgcgaaacgtgtaagg
        E  I  T  E  N  M  D  P  S  D  A  K  R  V  R
    829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga
        R  M  L  S  N  R  E  S  A  R  R  S  R  R  R
    874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta
        K  Q  E  H  L  S  E  L  E  A  Q  V  S  Q  L
    919 agaggtgaaaattcaactttgttaaagcggtttactgacataaat
        R  G  E  N  S  T  L  L  K  R  F  T  D  I  N
    964 ctgaaatacaatgaagctgctgtgaacaatcggatactaaaagct
        L  K  Y  N  E  A  A  V  N  N  R  I  L  K  A
   1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca
        D  V  E  T  L  R  A  K  V  K  M  A  E  D  S
   1054 gtgaaaagagttacaggtgggagtcctatgtttccgacgatgtcg
        V  K  R  V  T  G  G  S  P  M  F  P  T  M  S
   1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa
        D  L  S  S  I  S  M  P  F  T  G  S  P  C  E
   1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc
        A  S  S  D  A  A  V  P  V  R  D  D  T  N  L
   1189 ttcttccaggccccagtgtctgatcagagaattaacagccgacat
        F  F  Q  A  P  V  S  D  Q  R  I  N  S  R  H
   1234 cctcagatgactactgcagctccgccagctgcagttgggggaaac
        P  Q  M  T  T  A  A  P  P  A  A  V  G  G  N
   1279 ataggtggggctgtagccagcttggagcacctgcagagcaggatc
        I  G  G  A  V  A  S  L  E  H  L  Q  S  R  I
   1324 tccggaggaccggtctcgggcggtgcaggacagtgggatgctgct
        S  G  G  P  V  S  G  G  A  G  Q  W  D  A  A
   1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407   
        A  G  W  N  P  G  T  S  M  N  K  E  *


Frame  from  to Length
+1  154 .. 1407 1254

[ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ]
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
菜菜0929: 金币+5 2014-01-01 14:05:09
引物R 5‘跟OFR 3’对齐,引物F 5‘跟OFR5’对齐
16楼2014-01-01 10:01:13
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查看全部 20 个回答
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
专业问题建议去相关专业版交流
2楼2013-12-29 12:33:09
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achonghello

金虫 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
菜菜0929: 金币+1 2013-12-29 15:03:23
先去NCBI上比对出相似序列再比较着用DNAman什么的设计
3楼2013-12-29 12:47:09
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菜菜0929

木虫 (小有名气)


引用回帖:
2楼: Originally posted by nono2009 at 2013-12-29 12:33:09
专业问题建议去相关专业版交流

什么版块啊

[ 发自小木虫客户端 ]
5楼2013-12-29 15:02:46
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简单回复
2013-12-30 19:11   回复  
引用回帖:
5楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2013-12-29 15:02:46 什么版块啊 ...

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