24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (2746)
>虫友互识 (159)
>导师招生 (142)
>休闲灌水 (126)
>文献求助 (115)
>论文投稿 (59)
>博后之家 (41)
>考研 (33)
>硕博家园 (29)
>教师之家 (26)
>考博 (22)
>招聘信息布告栏 (18)
>基金申请 (18)
>找工作 (18)
>公派出国 (16)
>SciFinder/Reaxys (15)

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

菜菜0929

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 2128.3
帖子: 256
在线: 98.7小时
虫号: 2261978

[交流] 求助怎么设计这样的引物

转录组测序得到基因序列，用OFR finder得到OFR，比对到BLASTP得到了蛋白序列，想要利用这个OFR设计引物来克隆全长，我要怎么设计？有哪些注意事项？
例如OFR：154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc
      M  D  Q  F  S  L  D  E  L  A  N  Q  F  W  A
199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc
      P  S  P  A  G  S  G  I  G  P  S  S  S  A  A
244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc
      V  P  P  A  A  M  N  R  S  S  S  E  W  F  F
289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg
      A  K  F  L  E  E  G  S  V  T  G  V  P  S  P
334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc
      N  P  D  P  S  L  N  Q  S  V  D  S  L  K  R
379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct
      G  G  D  D  D  V  V  E  I  N  R  R  E  T  A
424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag
      A  G  Q  P  P  R  S  F  D  Q  V  A  P  L  E
469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg
      V  A  D  P  V  E  H  A  A  L  L  K  Q  K  L
514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta
      A  M  C  C  A  V  V  A  M  S  W  G  S  G  V
559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca
      K  P  Q  D  S  S  L  A  E  S  R  S  Q  S  S
604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct
      D  P  S  Q  L  G  S  Q  T  F  V  D  G  D  A
649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg
      S  K  M  K  S  K  T  G  V  A  L  G  G  V  P
694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca
      A  P  H  F  L  K  N  S  A  A  Q  A  K  P  A
739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg
      T  S  G  S  S  S  D  D  D  D  L  E  G  D  L
784 gagataacagaaaacatggacccttctgatgcgaaacgtgtaagg
      E  I  T  E  N  M  D  P  S  D  A  K  R  V  R
829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga
      R  M  L  S  N  R  E  S  A  R  R  S  R  R  R
874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta
      K  Q  E  H  L  S  E  L  E  A  Q  V  S  Q  L
919 agaggtgaaaattcaactttgttaaagcggtttactgacataaat
      R  G  E  N  S  T  L  L  K  R  F  T  D  I  N
964 ctgaaatacaatgaagctgctgtgaacaatcggatactaaaagct
      L  K  Y  N  E  A  A  V  N  N  R  I  L  K  A
1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca
      D  V  E  T  L  R  A  K  V  K  M  A  E  D  S
1054 gtgaaaagagttacaggtgggagtcctatgtttccgacgatgtcg
      V  K  R  V  T  G  G  S  P  M  F  P  T  M  S
1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa
      D  L  S  S  I  S  M  P  F  T  G  S  P  C  E
1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc
      A  S  S  D  A  A  V  P  V  R  D  D  T  N  L
1189 ttcttccaggccccagtgtctgatcagagaattaacagccgacat
      F  F  Q  A  P  V  S  D  Q  R  I  N  S  R  H
1234 cctcagatgactactgcagctccgccagctgcagttgggggaaac
      P  Q  M  T  T  A  A  P  P  A  A  V  G  G  N
1279 ataggtggggctgtagccagcttggagcacctgcagagcaggatc
      I  G  G  A  V  A  S  L  E  H  L  Q  S  R  I
1324 tccggaggaccggtctcgggcggtgcaggacagtgggatgctgct
      S  G  G  P  V  S  G  G  A  G  Q  W  D  A  A
1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407
      A  G  W  N  P  G  T  S  M  N  K  E  *

Frame  from  to Length
+1  154 .. 1407 1254

[ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ]

回复此楼