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菜菜0929

木虫 (小有名气)

应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 2261978

[交流] 求助怎么设计这样的引物

转录组测序得到基因序列，用OFR finder得到OFR，比对到BLASTP得到了蛋白序列，想要利用这个OFR设计引物来克隆全长，我要怎么设计？有哪些注意事项？
例如OFR：154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc
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199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc
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244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc
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289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg
      A  K  F  L  E  E  G  S  V  T  G  V  P  S  P
334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc
      N  P  D  P  S  L  N  Q  S  V  D  S  L  K  R
379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct
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424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag
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469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg
      V  A  D  P  V  E  H  A  A  L  L  K  Q  K  L
514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta
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559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca
      K  P  Q  D  S  S  L  A  E  S  R  S  Q  S  S
604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct
      D  P  S  Q  L  G  S  Q  T  F  V  D  G  D  A
649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg
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694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca
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739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg
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829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga
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874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta
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1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca
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1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa
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1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc
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1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407
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Frame  from  to Length
+1  154 .. 1407 1254

[ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ]

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