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菜菜0929

木虫 (小有名气)

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[交流] 求助怎么设计这样的引物

转录组测序得到基因序列，用OFR finder得到OFR，比对到BLASTP得到了蛋白序列，想要利用这个OFR设计引物来克隆全长，我要怎么设计？有哪些注意事项？
例如OFR：154 atggaccaattctctctagacgagctagcaaatcaattctgggcc
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199 ccatcccccgctggatccggcatcggcccctcctcctccgccgcc
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244 gtcccgccggccgccatgaaccggagctcctcggagtggttcttc
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289 gccaagttcctcgaagagggctccgtcaccggcgtcccctcgccg
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334 aaccccgatccgagtcttaaccagtctgtggattcgttgaagcgc
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379 ggaggggacgatgatgtggtcgaaatcaatcggcgggagactgct
      G  G  D  D  D  V  V  E  I  N  R  R  E  T  A
424 gctgggcaaccgcctcgcagtttcgatcaggtggcgccgctggag
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469 gtggctgacccggtggagcacgcggcgttgctgaagcagaagctg
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514 gctatgtgctgtgctgtcgtcgccatgtcttggggttctggtgta
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559 aaacctcaagattcttcattagctgagagcaggtcacagtcttca
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604 gatccttcacagctgggatctcaaacttttgttgatggagatgct
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649 tctaagatgaaaagtaagacaggtgttgcattgggtggagttccg
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694 gctccacatttcctgaagaattcagcagcccaagctaagccggca
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739 actagtggatcgtcgtcagacgatgacgaccttgaaggagatttg
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784 gagataacagaaaacatggacccttctgatgcgaaacgtgtaagg
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829 aggatgctgtcaaatagggaatcagcaagacgctctagaagaaga
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874 aaacaagaacatttaagtgagcttgaggcacaggtctcacaatta
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919 agaggtgaaaattcaactttgttaaagcggtttactgacataaat
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964 ctgaaatacaatgaagctgctgtgaacaatcggatactaaaagct
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1009 gatgttgaaactctgagagcgaaggtcaagatggctgaggactca
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1054 gtgaaaagagttacaggtgggagtcctatgtttccgacgatgtcg
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1099 gacctttcctcgatcagcatgccattcactgggagtccgtgtgaa
      D  L  S  S  I  S  M  P  F  T  G  S  P  C  E
1144 gcaagctctgatgctgctgttcctgtccgtgatgacacaaacctc
      A  S  S  D  A  A  V  P  V  R  D  D  T  N  L
1189 ttcttccaggccccagtgtctgatcagagaattaacagccgacat
      F  F  Q  A  P  V  S  D  Q  R  I  N  S  R  H
1234 cctcagatgactactgcagctccgccagctgcagttgggggaaac
      P  Q  M  T  T  A  A  P  P  A  A  V  G  G  N
1279 ataggtggggctgtagccagcttggagcacctgcagagcaggatc
      I  G  G  A  V  A  S  L  E  H  L  Q  S  R  I
1324 tccggaggaccggtctcgggcggtgcaggacagtgggatgctgct
      S  G  G  P  V  S  G  G  A  G  Q  W  D  A  A
1369 gcagggtggaaccctggtacatcgatgaacaaggaatga 1407
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Frame  from  to Length
+1  154 .. 1407 1254

[ Last edited by 菜菜0929 on 2013-12-30 at 15:23 ]

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1楼 2013-12-29 11:29:55

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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

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引用回帖:

11楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2013-12-31 12:27:13
所谓一定在ORF两端，是怎么个衡量方法呢？把ORF复制到PRIMER5，我的到得分数较高的引物不是在两端的，我要手动把它移过去吗？那样分数低怎么办？会有二聚体、发卡架构什么的。在两端是要引物3‘跟OFR 3’对齐，引物 ...

你有得选择吗？

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